ciancia del adn

Análisis de la diversidad genómica
en las poblaciones mestizas mexicanas
para desarrollar medicina genómica en México
Irma Silva-Zolezzi1, Alfredo Hidalgo Miranda1, Jesús Estrada Gil1, Juan Carlos Fernández López, Laura Uribe Figueroa,
Alejandra Contreras, Eros Balam Ortiz, Laura del Bosque Plata, César Lara, David Velázquez Fernández, Rodrigo Goya,
Enrique Hernández Lemus, Carlos Dávila,Eduardo Barrientos, Santiago March, Gerardo Jiménez-Sánchez2

México está desarrollando las bases para la medicina genómica con el fin de mejorar el cuidado de la salud de su población.
El estudio amplio de la diversidad genética y las estructuras de
desequilibrio de ligamiento de diferentes poblaciones, ha hecho
posible el desarrollo de estrategias de captura o “tagging” de
variabilidadgenética, así como de imputación de genotipos, para
evaluar integralmente la variabilidad común en estudios de asociación en enfermedades comunes. Nosotros evaluamos el beneficio de un mapa de haplotipos mexicano para la identificación
de genes relacionados a enfermedades comunes en mexicanos.
Con este objetivo se caracterizaron la diversidad genética, los
patrones de LD y la proporción dehaplotipos compartidos utilizando datos genómicos de mestizos mexicanos provenientes de
regiones con diferente historia de mestizaje y distintas dinámicas
poblacionales. La composición ancestral de los mestizos fue evaluada incluyendo datos de un grupo amerindio mexicano y del
HapMap. Nuestros resultados apoyan la existencia de diferencias
genéticas regionales en México que deben ser consideradas enel diseño y análisis de estudios de asociación. Adicionalmente,
dan sustento al hecho de que un mapa de haplotipos de la población mestiza mexicana podría reducir el número de tag SNPs
requerido para caracterizar la variabilidad genética común en
esta población. Este estudio es uno de los primeros esfuerzos de
genotipificación amplia del genoma en una población de reciente
mestizaje en AméricaLatina .
mestizaje | variación genética | genética de población | captura de SNPs

M

ás de 560 millones de personas viven en los países de Latinoamérica y la Oficina de Censos de los Estados Unidos,
estimó en 2007 que la población latina en este país había alcanzado un total de 45.5 millones, posicionándola como el grupo minoritario más grande y de crecimiento más acelerado en los EstadosUnidos. Al igual que otras poblaciones latinas, los mestizos mexicanos constituyen una población mestiza de reciente formación
conformada principalmente por orígenes ancestrales amerindio y
europeos, y en menor proporción africano. Aunque el tamaño y
la diversidad de las poblaciones latinas plantean diversos y serios
desafíos para los estudios genéticos (1), también representan un
poderosorecurso para el análisis de las bases genéticas de enfermedades complejas (2). En los últimos cinco años, México se ha
comprometido a desarrollar infraestructura humana y tecnológica
para la genómica como parte del desarrollo de una plataforma nacional de medicina genómica para mejorar la atención de la salud
de la población Mexicana (3-6). Esta situación en conjunto con
el hecho de que Méxicotiene una población de ∼105 millones de
habitantes que incluye más de 60 grupos amerindios y una historia
compleja de mestizaje, convierten a México en un país ideal en
dónde realizar análisis genómicos en enfermedades complejas.
En la actualidad dos abordajes para la identificación de genes
asociados a enfermedades complejas han sido exitosos: son los
estudios de asociación de genomacompleto y el mapeo por mestizaje (GWAS y AM, por sus siglas en inglés). El primero se basa
en una eficiente captura (“tagging”) de polimorfismos de un sólo
www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.0903045106

nucleótido (SNPs, por sus siglas en inglés) (7, 8), y el segundo en
la disponibilidad de paneles de marcadores distribuidos a lo largo
del genoma con diferencia de frecuencias entre poblaciones...