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Obtenida la victoria en Zitácuaro, quedando a seguro por un buen tiempo, y aunado al hecho de que el gobierno virreinal tenía que dividir sus fuerzas entre diferentes zonas levantadas, entre las cuales destacaba el sur, bajo el liderazgo del bravío cura José María Morelos y Pavón,[48] Rayón se dedicó a dar forma a un gobierno que ya desde hace tiempo venía concibiendo y del cual dependierantodos los jefes insurgentes, unificando así el movimiento de independencia y le diera el orden debido.[49]
A tal efecto y a fin de obtener la representación debida en la junta, escribió a Morelos en carta fechada el día 13 de julio, de la cual, se conserva la respuesta dada por Morelos,[50] en la que señala a Rayón su anuencia en formar la junta, señalando en su representación para asistir a ella alsacerdote José Sixto Verduzco:
El 19 de agosto de 1811, celebró junto con José María Liceaga un acta autorizada por Joaquín López con el carácter de prosecretario,[47] justificando la necesidad de la creación de un gobierno autónomo en la figura de una junta suprema que organizara y encabezara el movimiento de independencia,[48] citando a los principales jefes que se encontraba en Zitácuaro paraponerles a consideración dicha acta, a la cual, se adhirieron, aprobaron la creación de la Junta y nombraron a Rayón como presidente de la misma y a Liceaga y Verduzco como vocales.[51]
La junta se constituyó como Suprema Junta Nacional Americana y en nombre de Fernando VII.[52] Sobre su creación se emitió un bando el 21 de agosto donde se daba a conocer su existencia y justificación:
Comopresidente de la junta, Rayón coordinó la creación del periódico El Ilustrador Nacional, a cargo de Andrés Quintana Roo y José María Cos, para difundir las ideas insurgentes.[52] Rayón no logró que los jefes de los distintas facciones armadas reconocieran la autoridad de la junta.[52] Por ello, citó a juramentar a los gobernadores y alcaldes de los pueblos vecinos.[54]
La creación de la junta llamóla atención del gobierno virreinal y el general Calleja publicó una proclama el 28 de septiembre desde Guanajuato,[55] desconociendo la junta, amenazando con avanzar sobre Zitácuaro y poniendo precio a la cabeza de Rayón, la que cuantificó en diez mil pesos.[56] Igualmente rechazó la oferta de deponer las armas que el virrey Venegas había enviado a él y a Morelos por conducto y sugerencia delobispo de Puebla Manuel González Campillo.[55]
Al fallar estas estrategias, los realistas contrataron a una persona de nombre J. Arnoldo para asesinar a Rayón, pero tal sujeto fue descubierto y fusilado.[56] [57]
Durante la estancia de la junta en Zitácuaro, la misma intentó dirigir y coordinar a los diferentes líderes insurgentes que hacían la guerra en Michoacán y Guanajuato, así como mantenerse altanto de las actividades de Morelos en el Sur.[58] Al parecer hubo algunas divergencias entre los miembros de la junta, ocasionadas por el temor de que Rayón se atribuyera el mando supremo, lo que ocasionó algunas tensiones.[59]
Rayón y la junta permanecieron en Zitácuaro lo restante del año 1811, pero el día 1 de enero de 1812, el general Calleja atacó la población, lo que obligó a losinsurgentes dejar la plaza, no sin antes presentar resistencia, en la cual Ramón Rayón, hermano de Ignacio perdió un ojo.[60] No obstante, ser mayores las fuerzas de Calleja, no se infligió mayores daños a las fuerzas independientes, ya que estos contaban con buena artillería, lo que permitió dañar la caballería de los realistas, quienes no siguieron a Rayón y su gente.[61]
La pérdida Zitácuaro acabó porreafirmar las divisiones que ya se habían comenzado a fraguar al interior de la Junta y del ejército insurgente, especialmente en contra de la dirigencia de Rayón.[62]
De esta forma, la Suprema Junta Nacional Americana y el ejército, ambos al mando de Rayón, comenzaron a tomar sitio en diferentes poblaciones: Tuzantla, Tlalchapa, Sultepec.[63]
En 1813 formó parte del Congreso Constituyente...