Cluster

Instalación y configuración MPICH2, para Cluster Beowulf. versión 0.2
hace 5 años por kanibalv

Instalación y configuración MPICH2, para Cluster Beowulf. versión 0.2
Por kanibalv
(Supercomputación con su Ubuntu o Kubuntu.)
Aquí dejo como configure el MPICH2 para un cluster con 2 nodos, los cuales corren Kubuntu Dapper LTS.
También esta la opción para un solo PC, que describo más abajo.Supuestos:
- Tengo dos PC's pentium III, con sus respectivas tarjetas de red conectadas a un switch de 5 bocas, de las cuales una esta al "router" adsl k me dio timofonica.
- El PC master en donde se ejecutara el código tiene por nombre "Kubuntu" y el PC que se usara como nodo se llamara "nodo01" (usuario@kubuntu y usuario@nodo01).
- las tarjetas de Red (eth0) de cada una son 192.168.1.2 y192.168.1.3 respectivamente. (yo los asigne manualmente en Kcontrol->Parámetros de Red)(al final les dejo el archivo /etc/network/interfaces que uso yo)(comprobar con "ifconfig -a").
- Lo primero es instalar ssh para la comunicación, puede ser rsh (sería + rapido) pero no he probado el como, ya me dio harto calor en la cabeza de esta forma(jajajaja):
$ sudo apt-get install ssh
-luego para que nopida contraseñas (no se si esta parte esta del todo bien, postear una correcta):
$ssh-keygen -t dsa
#pregunta en donde guardarla y passwords, yo deje el archivo por defecto y sin passwords.
-Luego copiarla
$ssh-copy-id usuarioremoto@nodo01
$ssh-add
-Luego lo mismo con la llave rsa
$ssh-keygen -t rsa
#pregunta en donde guardarla y passwords, yo deje el archivo por defecto y sin passwords.-Luego copiarla
$ssh-copy-id usuarioremoto@nodo01
$ssh-add
(se pueden comunicar con el nodo con ssh nodo01, a mi no me pide password luego de esto, se salen con "exit")
- ent. instalemos los .deb de MPICH2:
Ent. en el master y nodo(s) instalar (yo lo hice con el adept):
$ sudo apt-get install mpich2
$ sudo apt-get install mpich2-mpd
$ sudo apt-get install mpich2-mpe
$ sudo apt-get installlibmpich2-1.0
$ sudo apt-get install libmpich2-1.0-dev
Si no están, el repositorio es (agregar en /etc/apt/sources.list) (grande Zach):
#MPICH2.deb Packages
deb http://torvalds.cs.mtsu.edu/~zach/debian/current/ /
-Luego hay que editar /etc/hosts en todos los PC's conteniendo este tipo de configuración, (no funca con otra):
$sudo vim /etc/hosts
#tiene que verse asi
127.0.0.1 localhostlocalhost.localdomain
192.168.1.2 ubuntu master
192.168.1.3 nodo01
#luego tiene lo de las IPv6 y demases por defecto
-Luego crear o editar un archivo .mpd.conf en /home/"ususario" (va con el punto al inicio) en todos los PC's que contenga la linea:
MPD_SECRETWORD="secret"
#la palabra "secret" es a tu elección pero en todos la misma (sin comillas)
-Luego en el master crear un archivo llamado.mpd.hosts con:
#
ubuntu
nodo01
#
(igual lo tenia en el nodo)
-Repetir los pasos en todos los PC's, yo lo hice sólo con 2.
-Entonces podemos hacer correr el demonio MPD en el cluster
Para un solo PC (el master) es:
usuario@kubuntu:~$mpdboot
#Los programas funcionan de la misma forma un uno o 10 nodos, lo que importa son el numero de procesos.
Para 2 o más PC's es:
usuario@kubuntu:~$mpdboot-n 2 -f .mpd.hosts
#el 2 es porque tengo solo 2 PC's, puede ser cualquier numero menor al numero de PC's en .mpd.hots
-Para probar se ejecuta mpdtrace y debe arrojar el nombre de los PC's, ejemplo:
usuario@kubuntu:~$mpdtrace
kubuntu
nodo01
- si les salio ese mensaje significa que el demonio esta corriendo en el master y el nodo.
-Otra forma de probarlo es ejecutar hostname en los PC'susuario@kubuntu:~$mpiexec -n 2 hostname
kubuntu
nodo01
-o tambien:
usuario@kubuntu:~$mpiexec -l -n 3 hostname
1: nodo2
0: kubuntu
2: kubuntu
#la opcion -l es para mostrar el rank de cada proceso.
- probar el ejemplo, cpi (calculo de pi en paralelo):
usuario@kubuntu:~$mpiexec -l -n 5 /usr/share/mpich2/examples/cpi
0: Process 0 of 5 is on kubuntu
1: Process 1 of 5 is on nodo2
3: Process...