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Tomó la carrera de las armas. Ganó sus primeros ascensos en Texas bajo las órdenes de Félix María Calleja. En 1806 ya era capitán cuando hubo una concentración de tropas en Jalapa, donde adoptó las doctrinas a favor de la Independencia. 

En 1808 volvió a San Miguel donde estuvo a su cargo un regimiento de caballería que se llamaba Dragones de la Reina. 

En 1809 participó en unaconspiración en Valladolid, aunque no fue castigado cuando fue descubierta. 

Siguió conspirando y formó una junta en San Miguel para promover la Independencia, además asistía a las reuniones que organizaban los corregidores Miguel Domínguez y su esposa Josefa Ortiz con el mismo fin. Durante estas reuniones se planeó una rebelión que iba a ser dirigida por Allende y Juan Aldama, quienes pidieron la ayuda dedon Miguel Hidalgo a fin de obtener el apoyo de la gente. 

El día l6 de Septiembre de 1810, a las dos de la mañana, se enteraron de que la conspiración de Querétaro había sido descubierta, y había órdenes de arrestarlos. En ese momento Allende propuso citar a todos los que se habían comprometido a luchar por la libertad para que en cada ciudad se diera la voz de Independencia, pero Hidalgo loconvenció de que debían lanzarse a la lucha de inmediato, el líder de la lucha fue Miguel Hidalgo ya que tenía muchas influencia sobre el pueblo. Fue entonces cuando Miguel Hidalgo se levantó con su pueblo en Dolores, ahí apresaron a los españoles que vivían ahí, y decidieron regresar a San Miguel a fin de obtener al regimiento de Dragones de la Reina ya que con este se le podría dar al movimientouna tropa bien organizada. Allende siempre se mantuvo a favor del orden y la seguridad de las personas, a los arrestados les juraba por su vida que no les pasaría nada a ellos ni a sus familias solo serían arrestados. 

El 22 de septiembre una junta de jefes insurgentes en Celaya, se nombró a Hidalgo capitán general, y a Allende teniente general. Cinco días mis tarde, el virrey ofreció 10,000pesos a quien entregase vivos o muertos a Hidalgo, Allende y Aldama. Y el día 28 ocuparon Guanajuato y tomaron la Alhóndiga de Granaditas. 

En Acámbaro, ante aproximadamente 80 000 hombres Hidalgo fue proclamado generalísimo y Allende capitán general. Después insurgentes se enfrentaron a los realistas en el Monte de las Cruces, triunfando los insurgentes. Allende propuso marchar y tomar laciudad de México, ya que sentía que la toma de la capital significaría mucho para la lucha; pero Hidalgo no estuvo conforme y ordenó que se retrocediera, más tarde sufrieron una derrota en Aculco. 

Allende se separó de Hidalgo y regresó a Guanajuato, puso a la ciudad en estado de defensa ya que: almacenó provisiones para el caso de un largo sitio, fabricó cañones, hizo agujeros en algunos cerros ylos llenó con pólvora para que hicieran explosión cuando pasara por ahí el ejército realista. En varias cartas solicitó ayuda a Hidalgo (que se hallaba en Valladolid) y de otros insurgentes; pero Hidalgo no le prestó ayuda. 

Al llegar Calleja al mando de los realistas, a Guanajuato, tomó las principales posiciones, y Allende tuvo que salir de la ciudad y marchar a Guadalajara, donde seencontraba Hidalgo. 

Como existían muchas diferencias entre Hidalgo y Allende, este último decidió dedicarse sólo a la organización del ejército. Durante una batalla en el Puente de Calderón, Allende mostró una vez más sus dotes militares; pero una explosión de un carro de municiones de los insurgentes facilitó la victoria del enemigo. 

Ya que las discordias entre los caudillos aumentaron, losoficiales superiores del ejército insurgente exigieron a Hidalgo su renuncia. Así Allende fue nombrado generalísimo, y ordenó la retirada hacia Saltillo, para de ahí marchar hacia Estados Unidos a fin de conseguir armas y dinero y volver a combatir. 

En marzo de 1811 los caudillos de la Independencia fueron capturados, por una traición de Ignacio Elizondo, en Acatitla de Bajan. Allende fue el...