Comparación abc vs ncpa
Páginas: 10 (2354 palabras)
Publicado: 19 de noviembre de 2010
En el presente documento se realiza una comparación entre las metodologías filogeográficas ABC (Approximate Bayesian Computation) vs NCPA (Nested Clade Phylogeographic Analysis), basado en el documento de Templeton (2009), teniendo en cuenta los puntos clave para los análisis filogeográficos descritos por el autor.
La filogeografía estadística es el estudio de la historia de una especie en elespacio y el tiempo según Templeton (2009), esta historia se ve ilustrada en los arboles de haplotipos los cuales muestran la evolución de diversos haplotipos encontrados en una región de ADN con poca o nula recombinación, los primeros estudios filogeográficos se basaron en la inferencia visual de la superposición de un árbol de haplotipos con un mapa geográfico de una zona de interés.
Dos delos métodos más utilizados en filogeografía estadística son el NCPA (Nested Clade Phylogeographic Analysis) basada en la parsimonia estadística y el ABC (Approximate Bayesian Computation) basado en simulaciones por computador.
Para los análisis de filogeografía estadística es indispensable establecer las características y propiedades de los modelos estadísticos de las metodologías con el fin deconocer tanto los pro como los contra de las diferentes metodologías y de esta manera determinar el buen desempeño frente a casos específicos y asegurar inferencias biológicas confiables, los puntos de mayor importancia para los análisis filogeográficos se describen a continuación:
• Marco estadístico
El marco estadístico de las pruebas filogeográficas permite determinar lascaracterísticas de las pruebas, las hipótesis y la estimación de parámetros, para esto es necesario conocer los pasos involucrados en la experimentación de hipótesis filogeográficas, y los retos asociados a cada componte del procedimiento según. Templeton (2009)
En los análisis filogeográficos se presentando dos tipos de marcos estadísticos, el resumen de datos estadísticos que son fáciles de aplicar perosus interpretaciones son muy sensibles a modelos definidos y los análisis de riesgo donde se calcula la probabilidad de observar datos de modelos alternativos
NCPA presenta un marco estadístico multilocus basado en la distribución de las probabilidades, coeficientes de probabilidad y un bien establecido procedimiento estadístico, que parte de una hipótesis nula que es probada mediante redes dehaplotipos. Estos haplotipos definen el diseño de la anidación por medio de la parsimonia estadística, Los supuestos biológicos en NCPA se basa en pruebas sencillas utilizando hipótesis nulas bien definidas y procesos de permutación establecidos, posteriormente se utiliza una clave de inferencia que es explicita. Las inferencias salen de lugares únicos de la misma especie y son sometidos a unavalidación cruzada y un ensayo de hipótesis, estas inferencias simples llevan a las interpretaciones biológicas probadas como hipótesis nulas. Templeton (2009)
La metodología ABC comienza por establecer modelos filogeog ráficos que por lo general son complejos debido a la necesidad de muchos supuestos y parámetros, que son simulados por computador, asignando un modelo a prior que mejor se ajustaLa posibilidad de un marco solido para probar las hipótesis nulas en NCPA le proporciona una gran ventaja con respecto a ABC, dentro del marco estadístico que maneja cada una de las metodología hay 3 puntos clave que caracterizan un método eficiente, estas características son, especificar escenarios históricos alternativos (establecer hipótesis), decidir la complejidad del modelo, integrarinformación externa a la prueba filogeográfica según describe. Knowles (2004)
✓ Hipótesis
Al especificar los escenarios históricos alternativos, es decir las hipótesis, están deben ser distinguibles y estadísticamente manejables. Las conclusiones que se derivan de las hipótesis pueden ser afectadas por la forma como se formulan por lo tanto solo un conjunto de historias posibles...
La filogeografía estadística es el estudio de la historia de una especie en elespacio y el tiempo según Templeton (2009), esta historia se ve ilustrada en los arboles de haplotipos los cuales muestran la evolución de diversos haplotipos encontrados en una región de ADN con poca o nula recombinación, los primeros estudios filogeográficos se basaron en la inferencia visual de la superposición de un árbol de haplotipos con un mapa geográfico de una zona de interés.
Dos delos métodos más utilizados en filogeografía estadística son el NCPA (Nested Clade Phylogeographic Analysis) basada en la parsimonia estadística y el ABC (Approximate Bayesian Computation) basado en simulaciones por computador.
Para los análisis de filogeografía estadística es indispensable establecer las características y propiedades de los modelos estadísticos de las metodologías con el fin deconocer tanto los pro como los contra de las diferentes metodologías y de esta manera determinar el buen desempeño frente a casos específicos y asegurar inferencias biológicas confiables, los puntos de mayor importancia para los análisis filogeográficos se describen a continuación:
• Marco estadístico
El marco estadístico de las pruebas filogeográficas permite determinar lascaracterísticas de las pruebas, las hipótesis y la estimación de parámetros, para esto es necesario conocer los pasos involucrados en la experimentación de hipótesis filogeográficas, y los retos asociados a cada componte del procedimiento según. Templeton (2009)
En los análisis filogeográficos se presentando dos tipos de marcos estadísticos, el resumen de datos estadísticos que son fáciles de aplicar perosus interpretaciones son muy sensibles a modelos definidos y los análisis de riesgo donde se calcula la probabilidad de observar datos de modelos alternativos
NCPA presenta un marco estadístico multilocus basado en la distribución de las probabilidades, coeficientes de probabilidad y un bien establecido procedimiento estadístico, que parte de una hipótesis nula que es probada mediante redes dehaplotipos. Estos haplotipos definen el diseño de la anidación por medio de la parsimonia estadística, Los supuestos biológicos en NCPA se basa en pruebas sencillas utilizando hipótesis nulas bien definidas y procesos de permutación establecidos, posteriormente se utiliza una clave de inferencia que es explicita. Las inferencias salen de lugares únicos de la misma especie y son sometidos a unavalidación cruzada y un ensayo de hipótesis, estas inferencias simples llevan a las interpretaciones biológicas probadas como hipótesis nulas. Templeton (2009)
La metodología ABC comienza por establecer modelos filogeog ráficos que por lo general son complejos debido a la necesidad de muchos supuestos y parámetros, que son simulados por computador, asignando un modelo a prior que mejor se ajustaLa posibilidad de un marco solido para probar las hipótesis nulas en NCPA le proporciona una gran ventaja con respecto a ABC, dentro del marco estadístico que maneja cada una de las metodología hay 3 puntos clave que caracterizan un método eficiente, estas características son, especificar escenarios históricos alternativos (establecer hipótesis), decidir la complejidad del modelo, integrarinformación externa a la prueba filogeográfica según describe. Knowles (2004)
✓ Hipótesis
Al especificar los escenarios históricos alternativos, es decir las hipótesis, están deben ser distinguibles y estadísticamente manejables. Las conclusiones que se derivan de las hipótesis pueden ser afectadas por la forma como se formulan por lo tanto solo un conjunto de historias posibles...
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