Conformacion de los nucleotidos

Introducción
Como clase, los nucleótidos pueden considerarse como uno de los más importantes metabolitos de la célula. Los nucleótidos se encuentran principalmente como unidades monoméricas que forman los principales ácidos nucleicos de la célula, ARN y ADN. Sin embargo, los nucleótidos se requieren para otras varias funciones importantes de la célula. Estas funciones incluyen:
1. sirven comoalmacenamiento de energía para uso futuro en reacciones de transferencia de fosfatos. Estas reacciones se realizan predominantemente por el ATP
2. forman parte de varias coenzimas importantes como NAD+, NADP+, FAD y coenzima A.
3. sirven como mediadores de importantes procesos celulares como segundos mensajeros en eventos de señalización intracelular. El mensajero intracelular predominante es elAMP-cíclico (cAMP), un derivado cíclico del AMP formado a partir del ATP.
4. controlan varias reacciones enzimáticas por medio de efectos alostéricos en la actividad de las enzimas.
5. sirven como intermediarios activados en varias reacciones de biosíntesis. Estos intermediarios activados incluyen a la S-adenosilmetionina (S-AdoMet o SAM) involucrada en reacciones de transferencia de gruposmetilo así como también en la síntesis azúcares conjugados con nucleótidos de glicógeno y glucoproteínas.

Estructura de los Nucleósidos, Nucleótidos y su Nomenclatura

Los nucleótidos que se encuentran en las células son derivados de los compuestos heterocíclicos altamente básicos, purina y pirimidina.

Purina Pirimidina
Es el aspecto básico de los nucleótidos que les ha dado el términocomún de "bases" cuando están asociados con los nucleótidos presentes en el ADN y ARN. Existen 5 clases principales de bases que se encuentran en las células. Los derivados de la purina se llaman adenina y guanina, y los derivados de la pirimidina se llaman timidita, citosina y uracilo. Las abreviaciones comunes que se utilizan para estas cinco bases son A, G, T, C, y U.
Formula de la base Base(X=H) Nucleósido X=ribosa o desoxirribosa Nucleótido=ribosa fosfato
Citosina, C Citidina, C Citidina monofosfato, CMP
Uracilo, U Uridina, U Uridina monofosfato, UMP
Timina, T Timidina, T (solamente desoxirribosa) Timidina monofosfato, TMP
Adenina, A Adenosina, A Adenosina monofosfato, AMP
Guanina, G Guanosina, G Guanosina monofosfato, GMP
Las bases de purina y pirimidina en lascélulas están unidas a los carbohidratos y en esta forma se denominan, Nucleósidos. Los Nucleósidos están acoplados a la D-ribosa o a la 2'-deoxi-D-ribosa a través de un enlace β-N-glicosídico entre el carbón anomérico de la ribosa y el N9 de una purina o el N1 de una pirimidina.
La base puede existir en 2 orientaciones distintas en relación al enlace glicosídico-N. Estas conformaciones se conocen conel nombre de, sin y anti. Es la conformación anti la más predominante en los nucleótidos naturales.

syn-Adenosina anti-Adenosina
Los Nucleósidos se encuentran en la célula principalmente en su forma fosforilada. A estos se los llama nucleótidos. El sitio mas común de fosforilación de los nucleótidos de la célula es el grupo hidroxilo que esta unido al carbono-5' de la ribosa. Los átomos decarbono presentes en la ribosa de los nucleótidos se designan con una marca prima (') para distinguirlos de la numeración del esqueleto de las bases. Los nucleótidos pueden existir en las formas mono-, di-, o tri-fosforiladas.
Los nucleótidos reciben distintas abreviaciones para permitir la fácil identificación de su estructura y su estado de fosforilación. La forma monofosforilada de la adenosina(adenosina-5'-monofosfato) se escribe como, AMP. Las formas di- y tri-fosforiladas se escriben como, ADP y ATP, respectivamente. El uso de estas abreviaciones asume que el nucleótido esta en la forma fosforilada-5'. Los di- y tri-fosfatos de los nucleótidos están unidos por enlaces anhidro-ácidos. Los enlaces anhidro-ácidos tienen alta ΔG0' para su hidrólisis dándoles un gran potencial para...