Construcción de árboles filogenéticos

Construcción de árboles filogenéticos
Dr. Eduardo A. R ODRÍGUEZ T ELLO
C INVESTAV-Tamaulipas

23 de julio del 2013

Dr. Eduardo R ODRÍGUEZ T. (C INVESTAV)

Construcción de árboles filogenéticos

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Procedimiento para construir árboles filogenéticos

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Métodos basados en distancias

3

Métodos basados en caracteres

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Procedimiento para construir árboles filogenéticos

Procedimiento para construir árboles filogenéticos

Recordemos que el procedimiento para construir árboles
filogenéticos se divide en 5 pasos:
1
2
3
4
5

Elección de los marcadores moleculares
Alineamiento múltiple de secuencias
Elección de un modelo de evolución
Determinación de unmétodo de construcción de árboles
Verificación de la fiabilidad del árbol construido

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Procedimiento para construir árboles filogenéticos

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Elección de los marcadores moleculares

Procedimiento para construir árboles filogenéticos
Elección de los marcadores moleculares
Alineamiento
Modelos deevolución

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Procedimiento para construir árboles filogenéticos

Elección de los marcadores moleculares

Elección de los marcadores moleculares
Para la construcción de árboles filogenéticos moleculares, se
pueden utilizar secuencias de nucleótidos o de proteínas
La elección de los marcadoresmoleculares es una cuestión
importante porque puede hacer una gran diferencia en la
obtención de un árbol correcto
La decisión de utilizar las secuencias de nucleótidos o proteínas
depende de las propiedades de las secuencias y los propósitos
del estudio
Es recomendable utilizar secuencias de nucleótidos, que
evolucionan más rápidamente que las proteínas, cuando se
estudian organismosestrechamente relacionados (e.g. regiones
no codificantes de ADN mitocondrial)
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Procedimiento para construir árboles filogenéticos

Elección de los marcadores moleculares

Elección de los marcadores moleculares

Por otra parte para estudiar la evolución de grupos de organismos
más ampliamentedivergentes es aconsejable utilizar secuencias
de nucleótidos con lenta evolución (e.g. ARN ribosomal o
secuencias de proteínas)
Si la relaciones filogenéticas que se están analizando están en el
nivel más profundo, por ejemplo entre bacterias y eucariotas, lo
adecuado es usar secuencias de proteínas conservadas

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Alineamiento

Procedimiento para construir árboles filogenéticos
Elección de los marcadores moleculares
Alineamiento
Modelos de evolución

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Alineamiento

AlineamientoEl segundo paso en el análisis filogenético es construir el
alineamiento de secuencias
Es probablemente el paso más crítico del procedimiento debido a
que éste establece las correspondencias posicionales en la
evolución
Sólo el alineamiento correcto produce inferencias filogenéticas
correctas

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Alineamiento

Alineamiento

Por esta razón es importante utilizar los métodos del estado del
arte para alineamiento múltiple de secuencias como T-Coffee
Se recomienda obtener el resultado del alineamiento de varias
fuentes y compararlos cuidadosamente para identificar el mejor

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