CONSULTA SOBRE JMOL


FACULTAD DE CIENCIA Y TECNOLOGIA
DEPARTAMENTO DE QUÍMICA
QUÍMICA COMPUTACIÓNAL
JENNIFER LAMBRAÑO
Jmol

¿QUÉ ES Jmol?
Jmol es una aplicación de modelado molecular basado en Java que se puede utilizar ya sea en un modo autónomo, o como un objeto incrustado en páginas web. Con el último par de años Jmol ha surgido como un reemplazo viable para dos herramientas de larga data usados ​​para lavisualización de las macromoléculas en las computadoras personales, Rasmol y Timbre. Rasmol fue escrita en la década de 1990 por Roger Sayle como una aplicación independiente y se distribuyó gratuitamente. Hay versiones disponibles para Windows, Unix y versiones anteriores de MacOS (antes de MacOS X). Chime se desarrolló en Molecular Design Limited (MDL) y tomó la Rasmol código y lo modificó para quepudiera ser utilizado como un plug-navegador web en mostrar tres dimensiones modelos moleculares interactivos, desde páginas web. Tanto Rasmol y Chime utilizan la misma biblioteca de comandos para la carga y la manipulación de los modos moleculares. Para Rasmol los comandos se introducen desde una línea de comandos con un subconjunto de los comandos disponibles desde la barra de menú. Para Chime loscomandos están codificados en la página web de su autor. Estos comandos se ejecutan ya sea cuando un plug-in se carga o puede ser activado por un visitante al sitio utilizando los botones y otros elementos de control. Chime también tiene un menú emergente que permite a un visitante a una página web para ejecutar un subconjunto de la Rasmol comandos. Rasmol y Chime se complementan entre sí muybien, con Rasmol siendo utilizado por los desarrolladores web para crear y probar los RasMol scripts que se planean usar con Chime.
A pesar de que tanto Rasmol y Chime han visto una gran aceptación, un mayor desarrollo de estas dos aplicaciones han languidecido desde el cambio de milenio y ahora son ya compatibles con muchos de los sistemas operativos más recientes y navegadores. Durante este tiempo,una nueva aplicación llamada Jmol ha surgido como un reemplazo viable para ambos Rasmol y Timbre . Es un código abierto, basada en Java que tiene el mismo aspecto y se sienten como Rasmol y Chime y puede interpretar todos los RasMol y Chime comandos. Se puede ejecutar como una aplicación independiente o bien como Rasmol o incrustado en páginas web como Chime . Debido a que está basado en Java esesencialmente independiente de la plataforma que se ejecuta en, cuando se utiliza de una página web que sólo requiere un navegador habilitado para Java. La versión independiente se puede obtener de forma gratuita y se ejecuta en Windows, Mac OS X y Linux. Para aprender más sobre el desarrollo de Jmol consulte a un artículo de Angel Herráez que fue publicado recientemente en Bioquímica y BiologíaMolecular de Educación (agosto de 2006).
(Información recuperada el 30 de octubre de la página web: http://www.chem.uwec.edu/JmolTut/index.html)
¿PARA QUÉ ES?
Jmol es una herramienta que vuelve la imagen de una molécula plana en la representación tridimensional de una molécula que puede usarse como herramienta de enseñanza o para la investigación, por ejemplo en química y bioquímica.
¿QUÉHERRAMIENTAS SE NECESITAN (REQUERIMIENTOS TECNOLÓGICOS)?
Jmol requiere instalar Java y funciona en una amplia variedad de plataformas. Por ejemplo, Jmol es completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome y Safari.  Jmol es compatible con una amplia gama de formatos de archivo moleculares, incluyendo Protein Data Bank (PDB), archivo de información cristalográfico(CIF), MDL Molfile (mol) y Chemical Markup Language (CML). Software gratuito y de código abierto autorizado bajo la GNU Lesser General Public License
FUNCIONES DEL PROGRAMA
Es una aplicación y componente para la integración en sistemas
Jmol Applet es una mini aplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web. Es ideal para el desarrollo de material docente a través de la web y para...