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Clasificación protista
Los protistas son un taxón parafilético con respecto a otros reinos, debido a que comprenden a todos los descendientes del eucariota ancestral, que comparten el plan corporalbásico del eucariota, entre ellos y con el eucariota ancestral, y no poseen las innovaciones que dieron origen a los reinos de plantas, animales y hongos, por lo tanto se encuentran entre ellosmiembros que aumentaron su nivel de complejidad hacia la multicelularidad pero sin pertenecer a ninguno de esos tres linajes, como les ocurrió a las algas pardas (véase también: Clasificación de losorganismos en categorías altas (reinos, dominios, imperios)).
Las últimas décadas vieron múltiples publicaciones de filogenias de los eucariotas basadas en caracteres tomado, bien al ser linajes tanantiguos, el ADN se fue modificando mucho, y mucha de la información que hubiera servido para hacer inferencias de relaciones filogenéticas se ha perdido. Aún así, si bien por los métodos utilizados basadosen ADN hasta hoy en día no se pudo obtener más resolución que la hasta hoy acordada (2013), se han encontrado 6 linajes de eucariotas a los que se puso la "nueva" categoría desupergrupos: Excavata, Opisthokonta, Amoebozoa (los dos últimos a veces agrupados en el supergrupo Unikonta con el que se formarían 5 supergrupos), Chromalveolata, Rhizariay Archaeplastida (el "Plantae sensu lato, en sentidoamplio, debido a que abarca más grupos que sólo las embriofitas, las multicelulares y complejas plantas terrestres). Algunos de estos caracteres sirvieron para inferir cómo habría sido el eucariotaancestral: unicelular, fagotrófico (carácter debido al cual pudo engullir a la mitocondria ancestral, y posteriormente, en reinos "botánicos", al cloropasto ancestral o derivado), con mitocondrias,aeróbico (que consume oxígeno, esperable debido al uso de las mitocondrias). Sin embargo, para entender la diversidad de protistas y su megaevolución (su evolución en caracteres que cambian tanta...