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TALLER 1
BIOLOGÍA COMPUTACIONAL
SÍNTESIS DEL ARTÍCULO
Bioinformatics—An Introduction for Computer Scientists
JACQUES COHEN
Brandeis University
La enorme cantidad de datos recogidos por los biólogos y la necesidad de interpretarlos requiere de herramientas que se encuentran en las ciencias informáticas. Un área llamada biología computacional
precedió a lo que ahora se denominabioinformática. Los biólogos computacionales también se reunieron y desarrollaron algunos algoritmos que ahora son utilizados por los biólogos.
Este artículo permite al interesado recorrer la temática general de la bioinformatica y el repaso de conceptros básicos de biología molecular de tal manera que le permita al lector realizar búsquedas posteriores para profundizar en el conocimiento.
En general elartículo pretende dilucidar cuestiones sobre cómo describir los procesos en la vida celular, que puede ser determinado o medido para inferir el comportamiento celular, que datos están disponibles para este propósito, cuáles son los problemas más importantes en la bioinformática y como se podrían resolver, que áreas de la informática se relacionan con la bioinformática?
El término bioinformática es elmás ampliamente utilizado entre los biólogos que el de biología computacional. Algo que distingue la bioinformática es su amplio uso de la Web. Las bases de datos que contienen secuencias de ADN y estructuras de proteínas en 3D están disponibles para casi cualquier investigador en internet y además, la comunidad interesada en la bioinformática ha desarrollado
una miríada de programas a través deInternet.
Para comprender la bioinformática es necesario tener una visión interdisciplinaria y para ello debe usarse un lenguaje familiar para facilitar el entendimiento de las diferentes disciplinas y comprender el enfoque y las diferencia entre ellas. En ciencias de la computación, se está a favor de la generalidad, las abstracciones, con un enfoque de arriba hacia abajo. En contraste, losbiólogos a menudo favorecen un enfoque de abajo hacia arriba. Esto es comprensible porque los pequeños detalles
son muy importantes, hay resultados ambiguos y deben ser resueltos con más pruebas. El trabajo de síntesis finaliene que tener lugar, pero, desconfían de las generalizaciones.
Se debe tener en cuenta el importante papel de la evolución en biología. Con la ayuda de los principiosevolutivos, la información existente se puede extrapolar a otras especies. Sin embargo los datos se encuentran fragmentados e incompletos. La bioinformática puede brindar herramientas auxiliares permitiendo realizar comparaciones entre nuevos datos y datos ya validados por experimentos.
1. Palabras de precaución
DavidB. Searls (1998), señala que, en la biología no hay reglas sin excepción, todofenómeno tiene un componente no-local y todos los problemas se entrelazan unos con otros.
No hay regla sin excepción
Por ejemplo, durante algún tiempo, se pensó que un gen era responsable de producir una sola proteína. Actualmente se sabe que un gen puede generar varias proteínas a través del splicing. Esto puede explicar por qué el número de genes en el genoma humano es menor de lo que se habíaprevisto.

Todo fenómeno tiene un componente no-local
La existencia de características comunes locales no pueden generalizarse. Por ejemplo, subestructuras 3D similares pueden tener su origen a partir de diferentes secuencias de aminoácidos. Esto implica que la similitud en un nivel no se puede generalizar a otro.
Todos los problemas se entrelazan unos con otros
Por ejemplo, sencillos cambios denucleótidos en el ADN pueden resultar en proteínas totalmente diferentes y función distinta. El estudio del genoma debe estar vinculado al estudio de proteínas.
Breve descripción de una sola célula a nivel molecular
Las células en diferentes organismos o en los microorganismos varían significativamente en forma, tamaño y comportamiento. Sin embargo, comparten características comunes que son...