diana

ADN-B
Animación de la estructura de una sección de ADN. Las bases nitrogenadas tienen una orientación más o menos perpendicular al eje de la hélice.
El ADN-B es el modelo propuesto por Watson y Crick sobre la estructura secundaria del ADN y es la forma predominante en las células.
Estructura de la doble hélice
Se trata de una doble hélice dextrógira de 2,37 nm de diámetro, con dos cadenasantiparalelas y con los grupos azúcar-fosfato en el exterior y lasbases nitrogenadas en su interior. Los pares de bases A·T y G·C se sitúan casi perpendicularmente al eje de la hélice. Dado que cada par de bases tiene el mismo tamaño, se forma una estructura regular.
Surcos
Surcos o hendiduras mayor y menor de la doble hélice.
Como resultado de la asimetría de cada par de nucleótidos el ADN-Bpresenta surcos de tamaño diferente, y como cada par de bases gira unos 35º respecto al anterior, estos surcos se van repitiendo. Son las zonas donde las bases nitrogenadas van a ser accesibles desde el exterior. Se van alternando así dos tipos de surcos: un surco mayor y un surco menor.
La mayor capacidad informativa se encuentra en el surco mayor como consecuencia de la mayor variabilidad de losgrupos químicos que presenta: en el surco mayor, los grupos químicos presentes especifican la identidad del par de base, pudiendo distinguir hasta los pares de bases A·T de los T·A, permitiendo así que las proteínas reconozcan sin equivocación las secuencias de ADN sin tener que abrir la doble hélice. El surco menor no tiene tanta abundancia de información química (no se puede distinguir entrepares de bases A·T-T·A o G·C-C·G).
Interacciones que estabilizan la estructura
El ADN-B es una estructura estable gracias a:
- Los puentes de hidrógeno que se forman en los pares de bases: contribuyen a la estabilidad termodinámica de la doble hélice.
- El apilamiento de las bases nitrogenadas: éstas exhiben la tendencia a apilarse unas sobre otras con una orientación más o menos perpendicular aleje de la hélice, de forma que las interacciones de nubes electrónicas de los orbitales entre las bases apiladas contribuye a la estabilidad de la doble hélice.
- La hidratación de los grupos polares del esqueleto azúcar-fosfato con el entorno acuoso.
Parámetros
Doble hélice: a) Dextrógira, b) Levógira.
El sentido de la hélice es a derechas, esto es, cada una de las cadenas de nucleótidos giraa derechas: la doble hélice es una espiral dextrógira. Esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a arriba, en la dirección que siguen los segmentos de las hebras que quedan en primer plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice que la doble hélice es dextrógira, y si giran a izquierdas, levógira.
El ADN-B tiene una estructura monótona, es decir, por cada vuelta completa o pasode rosca de la hélice hay el mismo número de pares de bases, que son 10,4. La distancia entre pares de bases es de 0,34 nm y la vuelta completa mide 3,54 nm.
La rotación por residuo (o "twist" en inglés) es el ángulo formado entre el plano de dos pares de bases consecutivos y es de un promedio de 34,6º; la inclinación por par de bases (o "tilt" en inglés) es el ángulo que formaría una línea queatravesara un par de bases respecto de la horizontal; el balanceo (o "roll") es el ángulo formado por una línea que pasara a través de dos pares de bases consecutivos; el alabeo (o "propellor twist") es el ángulo formado por el plano de una de las bases del par de bases respecto al plano de la otra (cada par de bases no siempre está en el mismo plano exacto).
Plegamiento del azúcar
Diferentesplegamientos en la ribosa.
Tanto la ribosa como la desoxiribosa forman un anillo de 5 átomos que no están en el mismo plano: esto es debido a que de lo contrario las nubes de electrones se solaparían. De esta forma, uno o más átomos de carbono siempre quedan por fuera del plano en el que se encuentran los demás. Así, el azúcar puede presentar forma de sobre o forma E (del inglés envelope) cuando...