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Ejecución y muerte de Atahualpa
Pizarro envió una comitiva al mando de Hernando de Soto y Hernando. Pizarro, para que se entrevistara con el Inca Atahualpa. Este se encontraba en las fuentes termales, ellos le entregaron el mensaje, que fue traducido gracias a Felipillo. El Inca aceptó y mencionó que visitaría al jefe español al siguiente día. Pizarro al enterarse de la respuesta de Atahualpaformó un ejército y les dio la orden de que se ocultaran en los edificios que bordeaban la plaza; un disparo de arcabuz sería la señal para capturar a Atahualpa.
En la mañana del 16 de noviembre de 1532, Atahualpa se dirigió a la ciudad. Al llegar no había nadie, de repente apareció el Padre Vicente Valverde quien le entregó un breviario. Atahualpa al no comprender ni escuchar nada los arrojó alsuelo el Padre indignado gritó y en ese momento se escuchó el primer disparo de arcabuz. Hubo una batalla entre los españoles y los indígenas que llenaban la plaza
Cuando Atahualpa fue capturado, se dio cuenta de la codicia de los españoles.Ofreció, entonces, a Pizarro llenarle dos cuartos de plata y uno de oro, hasta donde llegara su mano a cambio de su libertad. Aceptado el ofrecimiento, Atahualpa mandó a traer el oro y la plata de Cajamarca. Pero, la avaricia de los conquistadores los llevó a adelantar el reparto sin que se cumpliera con lo ofrecido, y sin que venciera el plazo de dos meses solicitado por el Inca.

Al final, Pizarrodecidió condenar al Inca. Atahualpa fue acusado de haber cometido lo siguiente:

- Haber usurpado el poder de su hermano Huáscar
- Haber ordenado desde la prisión la muerte de su hermano Huáscar.
- No haber cumplido con el rescate ofrecido.
- Ser idólatra.
- Tener muchas mujeres.

Atahualpa debió de haber sido quemado en vida, pero el Padre Valverde le cambió la pena de muerte por la de garroteo estrangulamiento.
Se le concedieron las dos últimas opciones: ser bautizado como cristiano y luego ahorcado o ser quemado vivo. Al escoger la primera opción fue bautizado con el nombre cristiano de Francisco. Se cree que FranciscoPizarro lloró su muerte. (Pedro Pizarro narra en su crónica: "yo vi llorar al Marqués").
Fue ejecutado el 26 de julio de 1533. La noticia de su muerte originó una gran anarquía, muchas etnias dominadas por los incas se sublevaron e intentaron recuperar su independencia.
Fue enterrado en la iglesia de Cajamarca pero unos días después su cadáver desapareció misteriosamente; probablemente sus súbditos lorescataron para momificarlo y enterrarlo junto con sus antepasados. .Tras su muerte, muchos incas partidarios de Huáscar (como Manco Inca) se unieron a los españoles para derrotar a Chalcuchimac, Quisquis y los demás partidarios de Atahualpa.
Marcha al Cuzco

Con Túpac Huallpa a la cabeza, partieron los españoles de Cajamarca el lunes 11 de agosto de 1533 rumbo a la capital delimperio. Caminando a través de la accidentada geografía andina llegaron los cristianos a Jauja, en el valle del río Mantaro, en el territorio de los Huancas. Allí no solo se produjo el deceso misterioso de Túpac Huallpa, sino que tuvieron la primera resistencia militar de las tropas quiteñas del sur al mando de Quisquis: La Batalla de Jauja. Esta batalla fue ganada por los españoles gracias alrespaldo de los Jaujas y Huancas. Poco después, el 4 de octubre de 1533, Pizarro estableció en Jaujatambo un pueblo de españoles al mando del tesorero Riquelme. Abandonado Jauja por los expedicionarios y camino al Cusco, fueron nuevamente atacados en Vilcashuaman y Vilcaconga. Avanzando lentamente llegaron los españoles a Jaquijahuana, cerca al Cuzco, lugar donde un joven príncipe llamado Manco Inca,...