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En enero de 2010, Rhette Reese y Paul Wernick, los escritores de Zombieland, fueron contratados para escribir el guion de la secuela. La película se pensaba que iba ser llamada originalmente comoG.I. Joe: Cobra Strikes, lo cual fue negado posteriormente por Reese. Stephen Sommers originalmente iba a regresar como director de la secuela, pero Paramount Pictures anunció en febrero de 2011 que JonChu dirigirá la secuela. En julio de 2011, el nombre de la secuela fue revelado para ser G.I. Joe: Retaliation.
En enero de 2011, se confirmó que Lee Byung-hun retomará su papel de Storm Shadow en lasecuela. Channing Tatum y Ray Park también regresaron a la película como Duke y Snake Eyes, respectivamente. Rachel Nichols, la actriz que interpretó a Scarlett en la primera película, dijo que losmiembros de la mayoría del reparto no volverían, a excepción de los tres actores mecionados. Joseph Gordon-Levitt también confirmó que no regresaría como el Comandante Cobra en la película.
En juniode 2011, Stephen Martines fue elegido como Cross-Country, Dwayne Johnson fue elegido como Roadblock, D.J. Cotrona y el rapero RZA fueron elegidos como Flint y Blind Master respectivamente, mientras queElodie Yung estaba en conversaciones para el papel de Jinx. En julio de 2011, Adrianne Palicki fue confirmada para el principal papel femenino de Lady Jaye, y Ray Stevenson fue confirmado pararepresentar al villano Firefly. Arnold Vosloo también confirmó que retomará su papel de Zartan, y Joseph Mazzello fue confirmado para representar a Mouse. En agosto de 2011, se confirmó que Bruce Willispara protagonizar la película como el G.I. Joe original.
La filmación comenzó en agosto de 2011 en Louisiana. En septiembre, una hoja del casting se filtró en Internet reveló que el Comandante Cobraaparecerá en la secuela, aunque no se sabía quien iba a interpretar al personaje. Ray Park también reveló que la mascota de Snake Eyes, un lobo de madera, aparecería en la secuela.
El 22 de noviembre...