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Yo lo he ejecutado usando XAMPP para hacer pruebas. No tengo el código ahora mismo y te lo digo de memoria...

1.- Crear base de datos
Lo primero de todo es crear una base de datos. A mano. Llámala bdintranet.
Dentro de esa base de datos importa web.sql y se rellenará correctamente.
Ahora tienes que importar los procedimientos almacenados en esa misma bdd.

2.- Contraseña inicio sesiónusuario
Las contraseñas se guardan encriptándolas con md5. Elige la tabla usuario y fíjate en cualquier usuario con el que quieras inicias sesión. Según el que hayas elegido, tendrás que modificar varios campos. La comprobación de inicio de sesión se comprueba en un procedimiento almacenado llamado sp_registro_login o algo así, que tienes que ver. A partir de esto, y viendo ese procedimiento, yaverás lo que tienes que modificar de un usuario. Observa también la idusuario y ve a la tabla clave y ahí pon la tuya con MD5.

3.- Contraseña base de datos
En mis pruebas no tengo contraseña en la base de datos. No recuerdo si en conexion.php o login.php verás que se realiza la conexión a la base de datos. Borra o cambia la contraseña.

Creo que no se me olvida nada.
Como prometí explicar:1º Descargamos el archivo site.rar desde aquí: http://ns2.elhacker.net/site.rar, que es el enlace que está al inicio del post.

2º Cada uno que lo instale o lo use donde quiera. Yo voy a usar (XAMPP) en un ordenador con Windows 7 para testearlo en local, los pasos en un servidor serán similares.

En mi caso descomprimo el archivo site.rar en el directorio: C:\xampp\htdocs y ahí se crearáuna carpeta llamada site. Dentro de esa carpeta hay un montón de archivos php.

3º Hay que crear la base de datos con la que trabaja el programa. Si abres por ejemplo, el archivo que se llama conexion.php verás esto:
Código
1. $conex = array('localhost','root','31100886','dbintranet');
con lo cual ya sabemos que la base de datos se llama dbintranet, hay que abrirla como usuario root y tienecontraseña 31100886. Para hacerlo más sencillo, borro la contraseña quedando:
Código
1. $conex = array('localhost','root','','dbintranet');
guardo el archivo conexion.php

Crear la base de datos.

Me dirijo en mi ordenador (con el navegador web) a phpMyAdmin, aquí:
Código
1. http://localhost/phpmyadmin/

Voy a "Bases de datos" y "Crear nueva base de datos". Pulso el botón "Crear":Selecciono la bdd dbintranet. La base de datos está vacía vamos a importar las tablas: Importar -> seleccionar archivo y selecciono el archivo que está enC:\xampp\htdocs\site llamado web.sql. Pulso abajo el botón continuar. Tarda un poquito. Se ejecutaron 5457 consultas:

Ya tenemos creadas todas las tablas. Sin embargo, esta base de datos hace uso de procedimientos almacenados que son necesariospara el buen funcionamiento del programa. Lógicamente si ese código no existe, no puede funcionar bien cuando sea llamado... es utilizado por ejemplo, para iniciar sesión.

Añadir los procedimientos almacenados.

En phpMyAdmin, vamos a la base de datos dbintranet. Vamos a SQL y ahí en SQL debemos pegar todo el contenido del archivo procedimientos_Sistema.sql que está en C:\xampp\htdocs\site. Endelimiter poner //

¿Sabes donde quedan guardados estos procedimientos y puedes averiguar si lo has hecho bien? En phpMyAdmin -> localhost -> mysql -> proc (por ejemplo un procedimiento es sp_actualiza_datos_alumno).

Todo preparado. Arrancando.
¿Cómo iniciarlo? Bueno, en C:\xampp\htdocs\site hay un archivo index.php así que en el navegador me voy a:
Código
1. http://localhost/site/

Y yaaparece la pantalla inicial:

Encontrando contraseña

Finalmente queda encontrar una contraseña y usuario. Voy a entrar con el nombre de usuario reveca. Echa un vistazo a la tabla usuarios.

Para ver cómo se hace la conexión, mira el archivo C:\xampp\htdocs\site\login.php
Código
1. $consulta = "call sp_ingreso_login('$usuario','$clave');";

Así que voy al procedimiento almacenado...