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"Guadalupe no está pintada en la tilma de Juan Diego sino en la capa de Santo Tomé (conocido por los indios como Quetzalcoatl) y apóstol de este reino. Milsetecientos cincuenta años antes del presente, la imagen de Nuestra señora de Guadalupe ya era muy célebre y adorada por los indios aztecas que eran cristianos, en la cimaplana de esta sierra del Tenayuca, donde le erigió templo y la colocó Santo Tomé. (primer párrafo del sermón)
Yo haré ver que la historia de Guadalupe incluye ycontiene la historia de la antigua Tonantzin, con su pelo y su lana, lo que no se ha advertido por estar su historia dispersa en los escritores de las antigüedadesmexicanas." (párrafo final)
Con dicho sermón pretendía demostrar que el culto guadalupano era prehispánico, al igual que el cristianismo, y por lo tanto no había motivospor los cuales agradecer a España, puesto que el imperio azteca era ya cristiano antes de 1519. Sus ideas no recibieron críticas negativas en principio; pero unasemana después de haber pronunciado el sermón, el arzobispo Nuñez de Haro (quién en palabras de Mier "sentía aversión por todo lo criollo") le acusó de herejía yblasfemia ante el Santo Oficio, por lo cual se le excomulgó, redujo a prisión, se le despojó de sus libros y fue condenado a diez años de exilio en España,intentódisculparse pero fue en vano lo que le ocasionó el abandono de sus familiares y amigos y después se promulgo un edicto de condena pública que fue leído en toda la NuevaEspaña menos en Nuevo León , el obispo de ahí era amigo suyo . Tras pasar dos meses en la fortaleza de Juan Ulúa el 7 de junio de 1795 embarcó a Veracruz,rumbo a Cádiz