Ecologia microbiana
Información Cuantitativa
Variables:
Número, biomasa, tasas de actividad.
Elección de acuerdo a relevancia de variables (tipo de estudio, problemas técnicos).
Fases de Análisis
Muestreo Procesamiento de muestras
Mediciones
Minimización de errores en cada fase
Muestreo
Muestras representativas. Distribución irregular de microorganismos. Cada muestraindividual es minúscula en comparación con el total. Diferentes técnicas. Suelo, agua, sedimentos, material biológico. Por falta de accesibilidad, se puede realizar un muestreo remoto. Asegurar la no alteración y no contaminación de las muestras.
Los métodos se escogen según las propiedades del
ecosistema, abundancia esperada y procesamiento de muestras.
Comparación de métodos demuestreo en ambientes naturales
Ambiente Acceso Aire Agua D DoR Número Bajo Dispositivos de Muestreo Filtros, muestreadores Andersen Procesado de Muestras Concentración en filtros Dilución o concentración Dilución seriada Dilución Seriada
Alto o bajo Redes, contenedores, filtros Alto Alto Trampas, corers Palas, cilindros
Sedimento R Suelo D
D: Directo / R: Remoto
Suelo
Técnicasasépticas. No frecuentes pues la gran abundancia relativiza la presencia de contaminantes. Pala y cubo. Profundidades específicas. Muestreadores cilíndricos (corers). Diseño minimiza compactación de la muestra.
Técnica de la laminilla (Cholodny-Rossi). Microorganismos se adhieren a la superficie limpia, no selectiva, por lo que se considera representativo.
Agua
mo c0ntaminantes puedenafectar el número real. Se pueden tomar muestras desde un punto remoto, en profundidades específicas. Ej. 100 m. Plancton. Microflagelados no sobreviven el arrastre con redes. Uso de botellas para posterior concentración.
Botella Niskin
Botella Niskin
El cierre de la botella se hace con el envío de mensajeros. - Solo una profundidad muestreada por lanzamiento.
-
Roseta
Las botellasse cierran con un ordenador desde la embarcación. - Toma muestras en diferentes profundidades en cada lanzamiento
-
Sedimento
Dragas. Doble cuchara accionada por muelles o
mensajeros. Se cierra cuando alcanza el fondo y se cierra hundiéndose en el sedimento. (contaminación con agua intersticial, estratificación)
Van Veen
Birge-Ekman
Box Corers.
Proporcionan muestrasMulti Corers
Muestras en buen estado de
relativamente bien conservadas. Puede submuestrearse con dispositivos cilíndricos.
conservación Dispositivos cilíndricos. Permite divisiones verticales (estratificación)
Buzos o aparatos sumergibles. Ofrece ventajas como ver lo que se muestrea, toma de decisiones y descripción de muestras. Ej. El Alvin en hidrotermas submarinas.
Alvin.submarino construido por el ejercito americano. Puede llevar tres tripulantes durante 10 horas y la profundidad máxima que mayor a 4.000 metros.
Aire
Número de microorganismos es bajo. Recoger grandes
volúmenes para su procesado? Acoplar el procesado al muestreo para reducir estrés. Muestreo pasivo con placas Petri o portaobjetos recubiertos con film adhesivo. Útil para recuento deesporas fúngicas, no para bacterias.
Muestreador Andersen
Arrastra un volumen de aire Desventajas.
Tiempo de cultivo de 6 a 10
conocido sobre una placa petri, que luego es incubada en laboratorio. El medio empleado depende del microorganismos que se desee muestrear (hongos o bacterias)
Ventajas.Cultivos indican
días para su crecimiento e identificación. BVNC no crecen. Competencia en el medio de cultivo. Resultados no representativos.
cuantos hongos y bacterias son viables y permiten una identificación más específica.
Aviones a control remoto???
Monitoreo con GPS
150 000 litros de aire en 15 mins.
Mediante métodos moleculares
se detectan microorganismos en el aire. (monitoreo remoto, dispersión). Análisis de diferentes estratos.
Muestras...
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