Ejercicio Secuecia

1) Se ha identificado en el cromosoma 19 algunos polimorfismos que afectan uno de los genes asociados con la enfermedad de Alzheimer; se han encontrado dos variantes del gen ApoE (apolipoproteína).A continuación se muestran las variantes “normal” y “afectada” del gen; utilizando tus conocimientos, diseña un RFLP que muestre el fenotipo bioquímico en una electroforesis de agarosa y el marcadormolecular que utilizarías.

Nota: Especifica la ó las endonucleasas a utilizar; los tamaños de los fragmentos de ADN como se observarían en un gel y quizá necesites utilizar alguna herramientacomputacional/software que no hemos utilizado en clase.

Para responder esta parte del problema, se utilizó el programa Geneious para determinar el nucleótido que no era igual al de la secuencia normal.(Figura 1)

Figura 1. Se muestra que el nucleótido diferente en el gen afectado es una C en vez de una T en el lugar número 4 654.

Después de localizar el nucleótido que estaba cambiado, seutilizó el programa en línea de NEB cutter de los laboratorios New England para encontrar las enzimas de restricción, las cuales aparecen en las figuras de abajo.

Gen normal

| | | | | | || |
| | | | | | | | |
| | | | | | | | |
Gen afectado

¿Con qué enzima corto entonces?Se optó por escoger la enzima PfoI, porque corta justo después del nucleótido que debeser T en la secuencia normal, y no corta en el enfermo. Cortando con ésta enzima obtenemos 6 fragmentos en la secuenccia del gen normal: # | Terminaciones |  Coordinados  |  Longitud (bp)  |Ordenados por tamaño |
1  |  (LeftEnd)-PfoI  |  1-1650  | 1650  | 3 |
2  |  PfoI-PfoI  |  1651-3494  | 1844  | 2 |
3  |  PfoI-PfoI  |  3495-3690  | 196  | 6 |
4  |  PfoI-PfoI  |  3691-4654  | 964  |5 |
5  |  PfoI-PfoI  |  4655-9103  | 4449  | 1 |
6  |  PfoI-(RightEnd)  |  9104-10612  | 1509  | 4 |
Cortando con la misma enzima obtenemos únicamente 5 fragmentos en la secuencia con el gen...