El árbol de los eucariotas

Este tema de dicusión es sobre el árbol de los eucariotas, su filogenia profunda y divergencia o radiaciones basales de los supergrupos eucariotas.
Empezaré diciendo que desde el establecimiento delárbol de la vida clásico de Woese basado en SSU rRNA, donde se mostraban claramente los tres discretos grupos filogenéticos (Eubacteria, Archaebacteria y Eukarya), notables cambios en la topologíadentro de cada uno de los dominios se han venido realizando.
En el árbol clásico de Woese la topología de Eukarya reflejaba una escalera donde distinos organismos eucariotas que se considerabanprimitivos debido a su estructura y organización celular como Giardia (diplomonados), Trichomonas (Parabasalidos) y Microsporidia entre otros divergian tempranamente en el árbol.
Estos organismos fueronllamados arquezoos por Cavalier-Smith ya que se pensaba que habían divergido antes del evento endosimbiótico que daría origen a la mitocondria, ya que estos organismos carecen de mitocondriay algunasotras estructuras u organelas celulares. Luego, Muller describio que algunos de estos organismos contenian hidrogenosomas y Tovar reportó la presencia de mitosomas en Giardia, cuidadosos analisisposteriores y estudios revelaron que estas organles muy probablemente son organelas derivadas de la mitocondria por su degeneración o evolución reductiva. Se encontraron genes con alta homología mitocondrialen el genoma nuclear de estos organisms, se detectó la presencia de los complejos de importe de proteinas mitocondriales (TOM y TIM) y se observó tambien que estas organelas estaba rodeadas por dosmembranas. En la actualidad se considera que no existen linajes eucariotas amitocondriales bona fide y debido a esto las hipótesis del origen endosimbiótico de los eucariotas cogieron auge y sepropusieron distintos modelos muy interesantes, pero este será tema de otro post, creo que ya me estoy desviando un poco del tema.

Tomando como modelo el árbol 16S o SSU rRNA, se realizaron filogenias...