Elastix Manual V4.6

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the manual






Stefan Klein and Marius Staring


August 9, 2012







Contents





1 Introduction 1
|1.1 |Outline of this manual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|1 |
| |. . . . . .| |
|1.2 |Quick start . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|1 |
| |. . . . . . . . | |
|1.3|Acknowledgements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|2 |
| |. . . . . . | |

2 Image registration 3
|2.1 |Registration framework . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . .|3 |
| |. . . . . . | |
|2.2 |Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|5 |
| |. . . . . . . . . .| |
|2.3 |Metrics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|6 |
| |. . . . . . . . . . | |
|2.4 |Image samplers . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . .|7 |
| |. . . . . . . . | |
|2.5 |Interpolators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|8 |
| |. . . . . . . . .| |
|2.6 |Transforms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |8 |
| |. . . . . . . . . | |
|2.7 |Optimisers . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|11 |
| |. . . . . . . . . | |
|2.8 |Multi-resolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .|13 |
| |. . . . . . .. | |
| |2.8.1 Data complexity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |13 |
| |. . . . . . | |
||2.8.2 Transformation complexity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |13 |
| |. . . . | |
|2.9 |Evaluating registration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ....