elementos quimicos
La trama comienza 14 años después del día E, después de la activación del martillo del alba en Sera. Marcus Fénix, El soldado de la CGO, se reintegra en el ejército después de haber pasado cuatro años en prisión por abandonar su puesto militar con el fin de hacer un vano intento por salvar a su padre, Adam Fénix. Dominic Santiago lo saca de la prisión, y lo llevacon el Escuadrón Delta. El pelotón trata de obtener el "resonador", un dispositivo que haría mapas de los túneles de locust para luego implementar la bomba de masa ligera, que destruirá el corazón de las fuerzas de los locust. El pelotón delta recupera el dispositivo, pero sufren múltiples bajas en el proceso. En medio del caos, Fénix lleva a los soldados restantes a través de las ruinas delplaneta Sera, a una instalación minera, y finalmente a las profundidades del planeta. El escuadrón Delta logra detonar el resonador, pero solo para descubrir poco después que el dispositivo no logra su objetivo. Afortunadamente, descubren un mapa más grande de la red que se origina de la antigua casa de Fénix, en concreto el laboratorio de su padre. Cuando llegan, Delta se encuentra con una granresistencia locust. Después de recoger los datos, el pelotón huye de la finca en un transporta tropas siendo perseguidos por un brumak (en la versión PC se relata lo ocurrido en el viaje). Marcus y Dom atraviesan el tren el cual carga la bomba de masa ligera, después de vencer al general RAAM se cargan los datos para la activación de la bomba. Marcus y Dom son rescatados en un helicóptero que losesperaba con la ayuda del coronel Hoffman antes de que el tren se precipite desde un puente destruido y en Imulsion por debajo de la superficie. Completamente activada, la bomba de masa ligera explota en la red de túneles locust. En la secuencia final del juego, Hoffman ofrece un discurso de la victoria por el colapso de los túneles, con lo cual la voz de la Reina locust promete que los locust seguiránluchando y no se detendrán.
Cenizas
Poco después bajan al campo de batalla para buscar al pelotón Alfa. El plan de Hoffman es detonar el resonador para detectar la red de los túneles subterráneos Locust, localizar el corazón de los túneles locust y destruirlos posteriormente con una bomba de masa ligera.
Dentro de la misión, se dirigen a Embry square de donde recibieron la última llamada deAlfa. Allí descubren dos cuerpos al costado de un agujero de emergencia (de donde salen los locust a la superficie) Seguidamente se dirigen a la casa de los soberanos donde Carmine muere a causa de un disparo de un Drone francotirador, dejándole un hueco en la cabeza. Posteriormente el grupo se encuentra con un integrante del pelotón Alfa: Augustus "Train" Cole, un ex-jugador del "Trash Ball", quienrápidamente se une al pelotón Delta. Posteriormente pierden comunicación con Control a causa de los Sembradores. Luego encuentran un arma llamada martillo del alba que es lo único que puede acabar con los sembradores, después de destruir a los 3 sembradores vuelve la comunicación y encuentran a los supervivientes del equipo Alfa en la tumba de los desconocidos que está enfrente de su posición.Al encontrar a los supervivientes del pelotón Alfa, en el pelotón Alfa te encuentras a Baird y algunos otros soldados, son atacados por los refuerzos Locust, y aquí es donde el General RAAM hace su primera aparición dentro del juego matando al teniente Kim con su espada. Al ver al teniente muerto entran en la tumba para escapar. Sobrevive el pelotón delta, Baird y un soldado llamado carmine Anochecer
Marcus, Dom, Cole y Baird buscan la manera de salir de la ciudad. Hoffman les comunica que deben activar el resonador en la fábrica de Imulsión Lethya, al oeste de su posición. Sin embargo, se hace de noche, y por la noche salen los Krill, letales para humanos y Locust. El equipo debe abrirse paso entre las hordas enemigas para llegar a un poblado de supervivientes.
Los supervivientes...
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