Encuesta de estudio de mercado del c caracol de agua dulce

ESCUELA POLITÉCNICA DEL EJÉRCITO

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA
Ingeniería en Biotecnología

BIOINFORMÁTICA
Tema:
ALINEAMIENTO GLOBAL DE SECUENCIAS MEDIANTE LA APLICACIÓN DEL ALGORÍTMO DE
“Needleman y Wunsch”
Integrantes:
Andrade Rosa Elena
Gordillo Richard Paul
Noblecilla Yusell
Peralta Gabriela
Suarez Daysi
Velásquez Verónica
Carranza Daniel
Lascano Alejandro

Curso:Séptimo Nivel - Paralelo “A”

DEDICATORIA

Este trabajo se lo dedicamos a todas las personas que estuvieron dándonos su apoyo mientras los realizamos y principalmente a Dios que nos ha dado la capacidad suficiente para culminarlo de la mejor manera.

AGRADECIMIENTO

El presente trabajo pudo ser realizado gracias a la cooperación en conjunto de todos los integrantes de nuestro grupo yprincipalmente a los conocimientos impartidos por el Ing. Marco Vergara en cada una de sus clases enseñándonos ante todo que debemos ser perseverantes antes las dificultades que encontremos en el campo profesional, personal y como estudiantes.
A nuestros padres ya que sin ellos no tendríamos la oportunidad de prepararnos para los retos del futuro y a Dios que nos ha permitido tener la salud y lacapacidad necesaria para realizar todo lo que nos proponemos.

RESUMEN EJECUTIVO

El presente trabajo tiene como finalidad presentar un programa en MATLAB , que permita realizar el alineamiento de dos secuencias de nucleótidos, tanto de ADN como de ARN, aplicando el algoritmo de Needleman-Wunsch para el alineamiento global, en donde el usuario ingrese por teclado las bases púricas ypirimidínicas, en un rango máximo de 20 bases de nucleótidos. De esta manera el programa puede determinar el grado de similitud existente entre dos secuencias en un alineamiento dado mediante un porcentaje o score. Dos secuencias alineadas serán más similares mientras mayor sea el numero de residuos conservados y menor el numero de los no conservados y gaps.

INDICE DE CONTENIDOS

DEDICATORIA 3AGRADECIMIENTO 4
RESUMEN EJECUTIVO 5
OBJETIVOS 7
OBJETIVO GENERAL 7
OBJETIVOS ESPECIFICOS 7
PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA 8
MARCO TEORICO 9
ALGORITMO EN PSEUDOCÓDIGO 13
RESULTADOS 14
COMPROBACIÓN O RECHAZO DE HIPÓTESIS 26
ANALISIS DE LO OBTENIDO 26
INTERPRETACIÓN DE RESULTADOS 28
CONCLUSIONES 28
RECOMENDACIONES 29
SINTESIS DE ASPECTOS RELEVANTES 30
APLICACIONES 31BIBLIOGRAFIA 33
ANEXOS 34
CODIFICACIÓN EN MATLAB 34

OBJETIVOS

OBJETIVO GENERAL

* Realizar un programa de alineamiento de dos secuencias de nucleótidos aplicando el algoritmo de Needleman-Wunsch.
OBJETIVOS ESPECIFICOS

* Aplicar los conocimientos adquiridos en programación para realizar el algoritmo en pseudocódigo del programa.

* Realizar un programa amigable con el usuarioempleando los comandos de MATLAB.

* Comparar el grado de similitud y homología de las dos secuencias mediante un porcentaje o score.

* Presentar en pantalla el alineamiento de las dos secuencias de nucleótidos.

* Aprender a trabajar en equipo con cooperación de cada uno de los miembros que los conforman.

PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA

Todos los seres vivos así como los virusestán compuestos por ácidos nucleícos, que a su vez se componen por aminoácidos que se disponen en secuencias ordenadas que pueden identificarse, que son específicas para cada individuo, se ingresan dos secuencias de ácidos nucleícos, por medio de las cuales podemos conocer las relaciones existentes entre los organismos de los que provienen, que se comparan para así determinar el grado de similitud yla ruta por la cual existe una mejor alineamiento.

HIPÓTESIS

Utilizando los elementos de programación que provee el software Matlab se puede crear una aplicación que siguiendo una serie de pasos ordenados y lógicos compare la similitud entre dos secuencias de nucleotidos y las alinee con el mejor score posible.

DESARROLLO DEL TRABAJO

Se consultó la bibliografía sobre el algoritmo de...