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Sistema de tres dominios 
El sistema de tres dominios es una clasificación biológica propuesta por Carl Woese en 1990, que enfatiza la separación de los procariotas en dos grupos, originalmentellamados Eubacteria y Archaebacteria. Woese se basó en diferencias en la secuencia de rRNA “16s”, para concluir que estos dos grupos y los eucariotas se desarrollaron por separado de un progenitorcomún que tenía una maquinaria genética poco desarrollada. 
Este sistema simplemente nombró al Dominio como el más alto sistema de clasificación puesto que es identico al anterior Sistema de dosimperios 

Árbol filogenético basado en datos del rRNA , mostrando la separación de bacterias, archaea, y eukaryotas. 
Para describir estas tres grandes ramas, Woese se permitió tratarlas como dominios, asu vez divididos en varios reinos. Los grupos fueron renombrados como Archaea, Bacteria y Eucariota, siempre promoviendo la separación de los dos grupos procariotas. 
Aunque rápidamente la mayoríade los sistematistas moleculares aceptó el sistema de tres dominios, algunos biólogos como Mayr lo criticaron por dar demasiado énfasis a la singularidad de las archaebacterias y por ignorar lasfuertes similitudes genéticas entre los grupos. Estudios posteriores han confirmado que la membrana de las células de las arqueas tiene una composición inusual, así como la estructura de sus flagelos.Otras diferencias significativas son los sistemas de las arqueas para la replicación del ADN y la transcripción, que son bastante diferentes a las de los eucariotas. Por ejemplo, las ARN polimerasa delas arqueas constan de hasta 14 subunidades, mientras que las ARN polimerasa de las bacterias sólo tiene 4 subunidades. Los análisis de dichas subunidades sugieren que están más estrechamenterelacionadas a las encontradas en los eucariotas. Así también, las arqueas producen un número de proteínas de unión al ADN similar a las histonas de los eucariotas. 

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