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A finales de 1878, empezó la primera ola para "limpiar" la zona entre la zanja de Alsina y el río Negro a través de ataques sistemáticos y continuos a losestablecimientos de los indígenas. El coronel Nicolás Levalle y luego el teniente coronel Freire atacaron a Manuel Namuncurá provocándole más de 200 muertos, mientras queel coronel Lorenzo Vintter tomaba prisionero a Juan José Catriel con más de 500 guerreros y Pincén fue capturado cerca de Laguna Malal. Estos caciques fueronconfinados en la isla Martín García. Luego el ranquel Epumer fue capturado en Leuvucó por el capitán Ambrosio. Otras acciones fueron dirigidas por el mayor CamiloGarcía, el teniente coronel Teodoro García, el coronel Rudecindo Roca, el coronel Nelson, el mayor Germán Sosa, el coronel Eduardo Racedo, el teniente coronel RufinoOrtega y el teniente coronel Benito Herrero. Por ley del 11 de octubre de 1878 se creó la Gobernación de la Patagonia al mando del coronel Álvaro Barros y conjurisdicción en todos los territorios fuera de las provincias hasta el cabo de Hornos.

Con 6.000 soldados en cinco divisiones (entre ellos 820 indígenas aliados), enabril de 1879 comenzó la segunda ola alcanzando la isla de Choele Choel en dos meses, la cual fue entregada pacíficamente por los indígenas locales. Desde otrospuntos, las compañías del sur hicieron su camino hacia el río Negro y el río Neuquén, el tributario septentrional del río Negro. Juntos, ambos ríos marcaban lafrontera natural desde los Andes hasta el Atlántico. Muchos establecimientos fueron construidos en la cuenca de estos dos ríos, así como también en el río Colorado.