Evangelion 2.22

La película comienza con el prólogo que abre con una nueva piloto, Mari Illustrious Makinami, que toma el control de la unidad Provisional 05 y trata de detener al Tercer Ángel, que está escapando de la Base de Betania de NERV, situada en el Ártico. El Ángel, después de haber sido encontrado en el permafrost, fue capturado y confinado en el sistema de contención de Cocito (uno de los más segurosdel mundo, según se comenta en la película), pero logró escapar, y cuando se dirige a los alrededores de la zona Aqueron, circundante a la base, el EVA 05 lo ataca. Después de recibir muchos daños, se ve destruida la unidad y acabado el Ángel, siendo eyectada en el Entry Plug y destruida gran parte de la base de Betania.
De vuelta en Japón, Shinji y Gendo visitan la tumba de Yui. Luego, Kajillega al despacho de Gendo confirmando la interrupción del proyecto Marduk que se realizaba en Betania y le entrega una maleta que contiene la "Llave de Nabucodonosor", la llave para abrir la puerta de la Complementación Humana (tal vez el embrión de Adán). Entonces el Séptimo Ángel ataca la ciudad, pero es derrotado por la recién llegada piloto Shikinami Asuka Langley y la Unidad 02.
Mientas tanto,Gendo y Fuyutsuki visitan la Base de Tabgha en la luna para ver el progreso de SEELE en la construcción de la Unidad 06 o Mark 06, y si bien el acceso a la base no les es permitido, verifican que el método de construcción de la Unidad es diferente al de NERV. Kaworu Nagisa, en el dedo del EVA, saluda a Gendo. Ya en la Tierra, Shinji se ve obligado a aprender a convivir con Asuka, que se muda acasa de Misato, y a su vez Asuka demuestra tener duras relaciones con todo el mundo, y algunos signos de amor/odio (de forma similar a la serie) con Shinji. Un día Kaji les lleva a un acuario, donde residen las últimas criaturas marinas con vida. Luego, se demuestra que Rei es vegetariana, cuando se niega a comer carne, pero descubre que la comida sin carne cocinada por Shinji le resulta deliciosa.El Octavo Ángel Sahaquiel ataca desde el espacio. Los satélites lanzan minas N2 pero no surte efecto debido al fuerte campo AT del Ángel, por lo que, después de un largo combate, las unidades 00, 01 y 02 lo destruyen, actuando en equipo como nunca antes lo habían hecho.
Al día siguiente, es el turno de Shinji para cocinar el almuerzo para la gente de su casa, y hace también para Rei, dándosela enla escuela, lo que irrita a Asuka. Este gesto abre las emociones de ella, que le pide a Gendo en la cena si podría invitar a sus amigos la siguiente semana (la cual nunca llega a realizarse). Más adelante, Mari aterriza en paracaídas en Tokyo-3, pero cae accidentalmente sobre un atónito Shinji mientras estaba en la terraza de la escuela. Después ella reconoce su identidad como piloto de EVA por elolor a líquido LCL.
Poco después es destruida en EE.UU la primera rama de NERV por la explosión del EVA 04 debido a la experimentación de nueva tecnología. NERV clausura la Unidad 02 por el Tratado del Vaticano, que limita el número de EVAs en servicio que un país puede tener; debido a que la jurisdicción de la Unidad 02 todavía estaba en manos de la Unión Europea, es Asuka la que pilota laUnidad 03. Sin embargo, el día de la activación de la unidad se descubre que estaba poseída por el Ángel Bardiel, que escapa en el EVA, todavía con Asuka en su interior. El EVA 01 es enviado a detenerlo, pero Bardiel despliega dos brazos que estrangulan a Shinji, que se niega a pelear para no herir a Asuka. Ante ello, Gendo activa el Dummy Plug y destroza al EVA 03, triturando con los dientes de la 01el Entry Plug, aparentemente muriendo Asuka. Shinji enloquece ante ello y ataca el Geo-front, pero es detenido por el aumento de la presión del LCL en su cápsula. Al despertar, decide dejar NERV. Luego se anuncia que Asuka está viva, pero gravemente herida e infectada en parte por el Ángel.
Tras marchar Shinji, Zeruel el Décimo Ángel, traspasando la línea de defensa de Old Odawara ataca...