Expasy

Herramientas de Expasy para la base de datos Proteínas.
AACompldent.- es una herramienta que permite la identficacion de proteínas desde su composición de aminoácidos. Busca en la base de datos de Swiss-Prot o TrEMBL para proteinas de cual composición de aminoácidos esta mas cercana la composición dada.
AAComp Sim.- compara la composición de aa de una entrada de la base de datos con otras paraencontrar la secuencia mas parecida con la que se selecciono.
ALF: simulación de la evolución genomica.- simula un extensivo rango de fuerzas evolutivas que actúan sobre genomas, tales como sustituciones de caracteres, duplicación de genes, genes perdidos, transferencia de genes laterales y rearreglo de genomas. (Esta aplicación dirige a otra pagina web)
AllAll.- este servicion toma un set desecuencias de proteínas y regresa varias comparaciones y visualizaciones, basados en arboles filogenéticos , algunos índices de variación, secuencias homologas y probables secuencias ancestrales. (Esta aplicación dirige a otra pagina web)
BLAST.- la misma funcionalidad que NCBI
Boxshade.- es un programa para crear buenas copias desde multiples secuencias de proteínas alineadas o secuencias deADN.
clustalW.- alineamientos multiples de acidos nucleicos y secuencias proteicas.
COILS.- es un programa que compara una secuencia para una base de datos de dos filamentos paralelos conocidos y deriva una puntuación de similitud. Comparando esta puntuación a la distribución de puntuaciones en proteínas globulares y bobina enrollados, el programa calcula la probabilidad de que la secuenciaadopta una conformación de bobina enrollada.
Compute pl/MW.- calcula el punto isoeléctrico y peso mulecular de una proteína.
Decrease redundancy.- reduce la redundancia de un set de proteínas.
Dotlet.- plots diagonales para comparar gráficamente secuencias biológicas e identificar regiones de cerrada similitud.
EMBnet services.- es un set de herramientas bioinformaticas, base de datos y cursos.FindMod.- predice posibles modificaciones postraduccionales de proteínas y encontrar posibles sustituciones de aminoácidos en péptidos. Las masas de péptido medidos experimentalmente se comparan con los péptidos teóricos calculados de una entrada de Swiss-Prot/TrEMBL especificada o de una secuencia introducido por el usuario, y las diferencias de masas se utilizan para caracterizar mejor laproteína de interés.
FindPept.- Identifica los péptidos resultantes de una hendidura inespecífica de proteínas a partir de sus masas experimentales, teniendo modificaciones químicas artefactuales en cuenta, modificaciones postraduccionales (PTM) y hendiduras autolíticas de proteasa.
GlycanMass.- calcula la masa de uan estructura de oligosacarido.
GlycoMod.- predice las estructuras de oligosacáridosposibles que se produzcan en las proteínas de sus masas determinadas experimentalmente. El programa puede utilizarse para libres o derivados oligosacáridos y glucopéptidos.
HAMAP.- es un sistema, basado en la anotación manual de proteína, que identifica y anota proteínas semiautomáticas que forman parte de familias bien conservadas o subfamilias: las familias HAMAP. HAMAP se basa en reglasfamiliares creadas manualmente y se aplica a las bacterias, arqueas y plastidios que codifican proteínas.
HampScan.- analizar varias secuencias o un genoma completo (todos los ORFs) contra las familias HAMAP, con anotación parcial o completa en formato UniProtKnowledgebase/Swiss-Prot.
HCD/CID.- es una herramienta para combinar el rango de m/z secuencia-ion de péptido de espectros de CID y el reporteroion m/z de espectros HCD en el archivo único apropiado, a utilizarse más en la identificación y cuantificación de los motores de búsqueda.
ImageMaster/Melanie.- ofrece una interfaz única y flexible para la visualización completa, exploración y análisis de datos 2D gel. Proporciona soluciones potentes e innovadoras para acortar el camino de adquisición de datos a la información de la proteína,...