Fabpenvmd 2014
Páginas: 18 (4385 palabras)
Publicado: 11 de mayo de 2015
FABPs en VMD
Comandos básicos de uso del VMD
En esta guía solo se darán los lineamientos generales para usar VMD. Para saber más, lean “VMD Molecular Graphics” http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug.pdf
Asumimos que no han tenido problemas para instalar VMD, ya saben abrir el programa, y obtener un archivo PDB. Si los tienen, por favor avisen y los ayudamos a resolverlos.
Trabajarancon una proteína transportadora de lípidos que ya hemos mencionado en la Guía 4: 2WUT.pdb
Vamos a recorrer rápidamente algunas funciones de VMD
Esta guía tiene 6 secciones:
1. - Cargar y ver una molecular
2. - Opciones gráficas
3. - Guardar imágenes, guardar el trabajo.
4. - Medir distancias, ángulos, etc.
5. - Breve introducción a las FABPs.
6. - Recorriendo la estructura 2WUT
Paranosotros serán muy útiles todas las críticas y comentarios que permitan mejorar la guía. Por favor escríbanlas, y luego las charlamos.
1. - Cargar y ver una molecular
Comenzamos cargando una molécula, la 2WUT.pdb que bajan de la PDB y guardan en la carpeta en la que van a trabajar.
En la ventana principal (VMD Main) busquen: File, y “click” en “New Molecule…”. Se abrirá una nueva ventana llamada“Molecule File Browser” (1).
Desde la nueva ventana (1), vayan a buscar el archivo que bajaron (2WUT.pdb), usando el botón “Browse…”(2) y una vez localizado el archivo, cárguenlo con el botón “Load” (3) (no olviden apretar el botón “load”, sino no carga las coordenadas).
La nueva situación es:
También podrían escribir en “FileName” el código PDB de las coordenadas que buscan (en este caso“2WUT”) y luego hacer “click” en el botón “Load”. Si están conectados a Internet, el programa busca y carga las coordenadas. Cargadas las coordenadas, pueden cerrar la ventana “Molecule File Browser”.
Si esto falla, si no logran abrir el archivo, o el programa da mensajes de error o se cierra, es posible que estén usando una cuenta en Windows cuyo nombre de usuario (el nombre de la cuenta en lamáquina que usan) contenga acentos (por ejemplo, nombre de usuario “Andrés”) o espacios en blanco (por ejemplo, nombre de usuario “Juan Pablo”). De ser así, van a encontrar problemas para usar archivos .pdb que estén en el escritorio o en carpetas que dependan del escritorio, ya que VMD no va a reconocer el camino (el “path”) de acceso al archivo.
Tiene solución, consulten con nosotros.
Coloquen elcursor del ratón sobre la ventana gráfica (VMD OpenGL Dispaly). Usen el botón izquierdo del ratón para rotar sobre el eje “x” e “y” del monitor, y el botón derecho para rotar en “z”. La ruedita del ratón suele funcionar de “zoom”.
Aquí no funciona “shift” o “ctrl”, como en Rasmol.
Para desplazar la molécula o hacer “zoom” sobre ella, en la ventana “VMD Main”, vayan a Mouse, y seleccionen“Translate Mode” o “Scale Mode”. Vuelvan a la pantalla gráfica, y ahora el ratón servirá para trasladar o hacer zoom sobre la molécula.
Una forma más simple de conseguir lo mismo, mientras están en la pantalla grafica, es oprimir las teclas “r”, “t” o “s” y así seleccionar la función que cumple el ratón. “Translate mode” y el botón derecho del ratón “aleja” la molécula del observador y resta efecto deprofundidad.
Utilicen “c” (center) y “click” sobre un átomo dado; luego “r” y ese átomo se convertirá en el centro de rotación.
Seguramente después de probar estas opciones desearan volver a la situación original, y pueden hacerlo yendo a la ventana “VMD Main”, “Display”, “Reset View”.
2. - Opciones gráficas
VMD permite múltiples formas de representar una molécula. Hay cuatro parámetrosprincipales a determinar:
a) la selección de átomos incluida en la representación, por ejemplo: toda la molécula, una selección de aminoácidos, un ligando, el solvente, o una combinación de lo anterior.
b) el estilo de dibujo: líneas, esferas y barras (CPK), VDW, “cartoon”, etc.
c) el color: por residuo, por tipo de átomo, por estructura secundaria, etc.
d) el “material” con que se hace la...
Comandos básicos de uso del VMD
En esta guía solo se darán los lineamientos generales para usar VMD. Para saber más, lean “VMD Molecular Graphics” http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug.pdf
Asumimos que no han tenido problemas para instalar VMD, ya saben abrir el programa, y obtener un archivo PDB. Si los tienen, por favor avisen y los ayudamos a resolverlos.
Trabajarancon una proteína transportadora de lípidos que ya hemos mencionado en la Guía 4: 2WUT.pdb
Vamos a recorrer rápidamente algunas funciones de VMD
Esta guía tiene 6 secciones:
1. - Cargar y ver una molecular
2. - Opciones gráficas
3. - Guardar imágenes, guardar el trabajo.
4. - Medir distancias, ángulos, etc.
5. - Breve introducción a las FABPs.
6. - Recorriendo la estructura 2WUT
Paranosotros serán muy útiles todas las críticas y comentarios que permitan mejorar la guía. Por favor escríbanlas, y luego las charlamos.
1. - Cargar y ver una molecular
Comenzamos cargando una molécula, la 2WUT.pdb que bajan de la PDB y guardan en la carpeta en la que van a trabajar.
En la ventana principal (VMD Main) busquen: File, y “click” en “New Molecule…”. Se abrirá una nueva ventana llamada“Molecule File Browser” (1).
Desde la nueva ventana (1), vayan a buscar el archivo que bajaron (2WUT.pdb), usando el botón “Browse…”(2) y una vez localizado el archivo, cárguenlo con el botón “Load” (3) (no olviden apretar el botón “load”, sino no carga las coordenadas).
La nueva situación es:
También podrían escribir en “FileName” el código PDB de las coordenadas que buscan (en este caso“2WUT”) y luego hacer “click” en el botón “Load”. Si están conectados a Internet, el programa busca y carga las coordenadas. Cargadas las coordenadas, pueden cerrar la ventana “Molecule File Browser”.
Si esto falla, si no logran abrir el archivo, o el programa da mensajes de error o se cierra, es posible que estén usando una cuenta en Windows cuyo nombre de usuario (el nombre de la cuenta en lamáquina que usan) contenga acentos (por ejemplo, nombre de usuario “Andrés”) o espacios en blanco (por ejemplo, nombre de usuario “Juan Pablo”). De ser así, van a encontrar problemas para usar archivos .pdb que estén en el escritorio o en carpetas que dependan del escritorio, ya que VMD no va a reconocer el camino (el “path”) de acceso al archivo.
Tiene solución, consulten con nosotros.
Coloquen elcursor del ratón sobre la ventana gráfica (VMD OpenGL Dispaly). Usen el botón izquierdo del ratón para rotar sobre el eje “x” e “y” del monitor, y el botón derecho para rotar en “z”. La ruedita del ratón suele funcionar de “zoom”.
Aquí no funciona “shift” o “ctrl”, como en Rasmol.
Para desplazar la molécula o hacer “zoom” sobre ella, en la ventana “VMD Main”, vayan a Mouse, y seleccionen“Translate Mode” o “Scale Mode”. Vuelvan a la pantalla gráfica, y ahora el ratón servirá para trasladar o hacer zoom sobre la molécula.
Una forma más simple de conseguir lo mismo, mientras están en la pantalla grafica, es oprimir las teclas “r”, “t” o “s” y así seleccionar la función que cumple el ratón. “Translate mode” y el botón derecho del ratón “aleja” la molécula del observador y resta efecto deprofundidad.
Utilicen “c” (center) y “click” sobre un átomo dado; luego “r” y ese átomo se convertirá en el centro de rotación.
Seguramente después de probar estas opciones desearan volver a la situación original, y pueden hacerlo yendo a la ventana “VMD Main”, “Display”, “Reset View”.
2. - Opciones gráficas
VMD permite múltiples formas de representar una molécula. Hay cuatro parámetrosprincipales a determinar:
a) la selección de átomos incluida en la representación, por ejemplo: toda la molécula, una selección de aminoácidos, un ligando, el solvente, o una combinación de lo anterior.
b) el estilo de dibujo: líneas, esferas y barras (CPK), VDW, “cartoon”, etc.
c) el color: por residuo, por tipo de átomo, por estructura secundaria, etc.
d) el “material” con que se hace la...
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