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Lucha contra el Terrorismo
En los inicios de su gobierno tuvo lugar una intensa campaña de atentados terroristas de Sendero Luminoso (maoístas) (que en el campo empezaba a tener serios reveses en su guerra contra el Estado) y, en menor medida, del MRTA (guevaristas).
En Lima, la explosión de un autobomba el 26 de Julio de 1992 en la calle Tarata, en el distrito de Miraflores, sería la acciónmás sangrienta que marcaría este periodo.
Hubo asimismo actos de violencia relacionados con la represión estatal y violaciones a los derechos humanos. En Diciembre 1991, ocurrió la masacre de los Barrios Altos, en que fueron asesinadas 15 personas; y en Julio de 1992 tuvo lugar el asesinato de 9 alumnos y un profesor de la Universidad Nacional de Educación Enrique Guzmán y Valle (La Cantuta), ambasacciones llevadas a cabo por el "Grupo Colina", escuadrón de la muerte que funcionó durante estos años.
Asimismo se sospecha de la implicación de este grupo en el asesinato del sindicalista Pedro Huillca Tecse, secretario general de la Confederación General de Trabajadores del Perú (CGTP). Sin embargo, este hecho fue reivindicado por Sendero Luminoso, grupo terrorista, existiendo sentencia firmedel Poder Judicial peruano que concluye estableciendo la responsabilidad penal de este grupo terrorista respecto al asesinato de Pedro Huillca Tecse.
Las acciones de los servicios de inteligencia, combinados con la organización milicias rurales en el campo, consiguieron dar golpes cada vez más duros al terrorismo. En Julio de 1992 se logró la captura de Víctor Polay Campos, líder del MRTA.
El12 de Septiembre se logró capturar a Abimael Guzmán, jefe del grupo terrorista Sendero Luminoso, quien pretendía establecer un régimen maoísta en el Perú, junto con varios miembros del comité central de la organización. Tras esto Sendero Luminoso entró en un franco retroceso y en pocos años había quedado reducido a columnas en la selva alta peruana, sin representar ninguna amenaza real. De estaforma se puso fin a una década de terror de esta organización y retornó la paz interna.


Masacre de La Cantuta
La Masacre de La Cantuta tuvo lugar en el Perú el 18 de julio de 1992 durante la presidencia de Alberto Fujimori. Un profesor universitario y nueve estudiantes de la limeñaUniversidad Nacional de Educación Enrique Guzmán y Valle (conocida como La Cantuta debido al nombre de la zonadonde se encuentra) fueron secuestrados y desaparecidospor el destacamento Grupo Colina, pertenecientes al Ejército Peruano. El incidente es notable no sólo por las violaciones a los derechos humanos que implicó, sino por la subsecuente impunidad que disfrutaron sus perpetradores. Fue uno de los crímenes que el gobierno peruano estableció en su pedido de extraditación de Fujimori frente el gobiernode Japón el 2003 y es uno de los que también presentó al gobierno de Chile por el mismo motivo.
Masacre de Barrios Altos
La Masacre de Barrios Altos sucedió el 3 de noviembre de 1991 en los Barrios Altos, una zona tradicional y popular del cercado de Lima en Perú. Quince personas murieron y cuatro más fueron heridas por atacantes que posteriormente fueron identificados como miembros del GrupoColina, un destacamento militar formado por miembros de lasFuerzas Armadas del Perú. Esta masacre es vista como un símbolo de las violaciones a los derechos humanos perpetradas durante el gobierno del por entonces presidenteAlberto Fujimori y fue uno de los crímenes citados por el gobierno peruano en su solicitud de extradición presentada a Japón en el 2003. El hecho perpetrado en Barrios Altos fue pordirectiva directa de Vladimiro Montesinos, por encargo de Alberto Fujimori.
 El presidente de la sala penal de la Corte Suprema de Justicia, César San Martín, ha declarado que los cargos contra Fujimori están probados "más allá de toda duda razonable", por lo que se le ha condenado a 25 años de cárcel. Ante la decisión, Fujimori ha interpuesto de inmediato un recurso de nulidad. Fujimori, de...