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A raíz de la firma de este Protocolo surgieron dudas alrededor de los accidentes geográficos que determinaban la frontera, produciéndose nuevos conflictos bélicos en 1981 y 1995.xxxEl Protocolo de Río, la descripción del área no refleja la realidad geográfica de la zona. En este Protocolo, se consideró la existencia de un divortium aquarum entre los ríos Zamoray Santiago11 y la presencia de la Cordillera del Cóndor (parte norte) como límite natural.
En febrero de 1947 a las 8:00 am, la Fuerza Aérea de los Estados Unidos realizó unreconocimiento aéreo de la zona, encontrando que no hay un divortium aquarium entre los ríos Zamora y Santiago, ya que existe un tercer río que corre entre estos dos denominado Cenepa. Esdecir, existen dos divortium aquarum: uno entre los ríos Zamora y Cenepa, y otro entre los ríos Cenepa y Santiago. Además, la cordillera del Cóndor constituye una separación de los ríosZamora y Cenepa, mas no de los ríos Zamora y Santiago (Embajada del Ecuador en Washington D. C., 1995).
A pesar, no faltaron las voces y esfuerzos de cooperación entre ambos países. Lasevidencias son amplias, en el marco de la Comisión Permanente del Pacífico Sur; además proyectos binacionales como Puyango-Tumbes en la frontera sur, el Tratado de CooperaciónAmazónica y la colaboración en el marco de proyectos de conservación, demuestran la existencia de recursos naturales compartidos y la necesidad de su manejo conjunto.
De esta manera, el manejode las áreas fronterizas amazónicas, de excepcional valor natural, es una de tantas alternativas de cooperación, búsqueda de la paz, optimización en el uso de los recursos, yreconocimiento de la presencia de pueblos indígenas de origen común que viven en estas áreas, para quienes las fronteras entre estados son creaciones extrañas, ajenas a su cultura.al