finesi

RANDTREE -
Genera todos los posibles árboles a partir de un número dado de especies usando el modelo de proceso de enramado Markoviano (Markovian branching process model) de especiación; con longitudes de ramas derivadas a partir del modelo de proceso de enramado simple (simple branching process model) o un modelo coalescente.
Entre las suposiciones a tomar en cuente para trabajar con RANDTREEesta la siguiente: que la especiación pueda ser descrita como un simple modelo Markoviano de evolución, en el cual cada especie es igualmente probable para dividirse en dos nuevas especies.
OPCIONES 
Archivos de entrada y salida 
N: si se coloca "file", el programa busca los nombres de las especies en un archivo, mientras que si se especifica "keyboard", RANDTREE colocará los nombresautomáticamente y permitirá al usuario hacer cualquier cambio usando el teclado.
D: nombre del archivo que contiene los nombres de las especies. Esta opción aparece sólo si "file" es especificado en la opción de arriba.
N: número de árboles a ser creados.
R: nombre del archivo de salida, en el cual los resultados serán impresos.
Opciones evolutiva 
E: opción para la generación de números aleatorios opseudo-aleatorios requeridos para la realización de los árboles filogenéticos. Si diferentes orígenes son utilizados de generación de números aleatorios son utilizados por dos aplicaciones diferentes de RANDTREE, manteniéndose constantes los otros parámetros, dos conjuntos de filogenias diferentes serán generadas.
B: modelo del proceso de enramado o especiación, es decir, cálculo de las longitudesde ramas de la filogenia de acuerdo al modelo estándar o el coalescente.
S: probabilidad de especiación por unidad de tiempo (prob. 1). En esta opción se especifica la tasa de especiación a la cual el usuario desea que el programa calcule las longitudes de la ramas para las filogenias. Cuando se analizan datos comparativos usando un método filogenético que considera longitudes de ramas sólo enunidades de tiempo relativo, la magnitud de este parámetro no tendrá efecto sobre los resultados finales de los análisis comparativos.
P: probabilidad de especiación por unidad de tiempo (prob. 2). El programa permite generar longitudes de ramas aceptando dos valores separados de tasa de especiación, es decir, el valor regular y el variable. Con el modelo general cada taxon ancestral tiene unaprobabilidad de especiación regular, una probabilidad de especiación rápida y una probabilidad de que el modelo rápido preceda el modelo regular. La prob. 2 es la tasa de especiación en el modelo rápido.
F: probabilidad de que la segunda tasa de especiación sea usada en lugar de la primera.

Arriba: Programas de aleatorización


-SIMULATE -
Genera datos comparativos interespecíficos simulandola evolución fenotípica de 
caracteres a lo largo de una filogenia conocida por el modelo de evolución 
Markoviano.
OPCIONES 
Datos de entrada y archivos
T: nombre del archivo texto (ASCII) que contiene el árbol filogenético a ser 
estudiado.
C: número de caracteres a ser considerados
N: número de conjuntos de datos interespecíficos a ser creados por SIMULATE.
R: nombre del archivo textodonde los resultados serán impresos.
Opciones evolutivas 
E: usada para la generación de cadenas de números al azar normalmente distribuidos y que son utilizados en los análisis computacionales para generar datos interespecíficos.
L: -factor de escala de la longitud de las ramas (Branch lenght scaling factor o 
BLSF)- SIMULATE modela la evolución de los caracteres permitiendo que cambios evolutivos ocurran en intervalos regulares a lo largo de la filogenia. El BLSF es 
usado para determinar la longitud del intervalo sobre el cual la evolución ha ocurrido, 
multiplicando por las longitudes de las ramas de la filogenia y redondeando hasta el 
valor más cercano inferior. Por ejemplo, si una rama tiene longitud en unidades de 
millones de años y BLSF es igual a 1, el programa...