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Baroja cultivó preferentemente el género narrativo, pero se acercó también con frecuencia al ensayo y más ocasionalmente al teatro, la lírica (Canciones del suburbio) y la biografía.

El propio autor agrupó sus novelas, un poco arbitrariamente, en ocho trilogías y dos tetralogías, aunque es difícil distinguir qué elementos pueden tener en común: Tierra vasca, La lucha por la vida, El pasado, Elmar, La raza, Las ciudades, Agonías de nuestro tiempo, La selva oscura, La juventud perdida y La vida fantástica.

Tierra vasca agrupa La casa de Aizgorri (1900), El mayorazgo de Labraz (1903), Zalacaín el aventurero (1909) y La leyenda de Jaun de Alzate (1922).4
La lucha por la vida integra La busca (1904), Mala hierba (1904) y Aurora roja (1904).
La raza está formada por El árbol de laciencia (1911), La dama errante (1908) y La ciudad de la niebla (1909).
El pasado: La feria de los discretos (1905), Los últimos románticos (1906) y Las tragedias grotescas (1907).
La vida fantástica: Aventuras, inventos y mixtificaciones de Silvestre Paradox (1901), Camino de perfección (pasión mística) (1901) y Paradox rey (1906).
Las ciudades: César o nada (1910); El mundo es ansí (1912); Lasensualidad pervertida: ensayos amorosos de un hombre ingenuo en una época de decadencia (1920).
El mar: Las inquietudes de Shanti Andía (1911); El laberinto de las sirenas (1923); Los pilotos de altura (1931); La estrella del capitán Chimista (1930).
Agonías de nuestro tiempo: El gran torbellino del mundo (1926); Las veleidades de la fortuna (1927); Los amores tardíos (1942).
La selva oscura: Lafamilia de Errotacho (1932); El cabo de las tormentas (1932); Los visionarios (1932).
La juventud perdida: Las noches del Buen Retiro (1934); Locuras de carnaval (1937); El cura de Monleón (1936).
A las novelas de la última etapa de la vida del escritor se las suele llamar «novelas sueltas» porque no terminaron de formar trilogía, pero no por intención del autor, ya que debido en primer lugar asu agotamiento como escritor propio de un hombre de más de 70 años, como por razones de censura (así las de tema de la Guerra Civil) u otras razones no se hicieron así: Susana y los cazadores de moscas (1938), Laura o la soledad sin remedio (1939), Ayer y hoy (publicada en Chile en 1939). El caballero de Erlaiz (1943), El puente de las ánimas (1944), El hotel del Cisne (1946) y El cantor vagabundo(1950). Tanto el Puente de las ánimas como El cantor vagabundo formarían con otra no publicada o nunca escrita la trilogía Saturnales. El hotel del Cisne sería la primera pieza de otra inconclusa trilogía que llevaría por nombre Días aciagos. En sus últimos años intentó escribir una nueva trilogía sobre la Guerra Civil, pero la censura franquista impidió la publicación; sin embargo, con lallegada de la democracia, han empezado a imprimirse algunas de ellas; la primera ha sido Miserias de la guerra, y se anuncia la publicación de la siguiente, A la desbandada.

Entre 1913 y 1935 aparecieron los veintidós volúmenes de una larga novela histórica, Memorias de un hombre de acción, basada en la vida de un antepasado suyo, el conspirador y aventurero liberal y masón Eugenio de Aviraneta(1792-1872), a través del cual refleja los acontecimientos más importantes de la historia española del siglo XIX, desde la Guerra de la Independencia hasta la regencia de María Cristina, pasando por el turbulento reinado de Fernando VII. Son las siguientes: El aprendiz de conspirador (1913), El escuadrón del «Brigante» (1913), Los caminos del mundo (1914), Con la pluma y con el sable (1915), que narrael período en que Aviraneta fue regidor de Aranda de Duero, Los recursos de la astucia (1915), La ruta del aventurero (1916), Los contrastes de la vida (1920), La veleta de Gastizar (1918), Los caudillos de 1830 (1918), La Isabelina (1919), El sabor de la venganza (1921), Las furias (1921), El amor, el dandysmo y la intriga (1922), Las figuras de cera (1924), La nave de los locos (1925, en cuyo...