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El juego comienza con una imagen de una colonia espacial llamada Euroasia, luego pasa la conversación entre dos reploids, por el momento desconocidos. Surge un problema y entonces X o Zero va a investigar, se pierde la comunicación por lo que el personaje al que elegiste tiene que ir. Cualquiera que elijas esta bien, pero recomiendo que sea a X, aparecerá con la Fourth armor aunque no puedes usarla GigaAttack.

Como primer enemigo tienes que enfrentarte a sigma, cuando lo derrotes notarás que era una trampa para que el virus sigma pudiera exparsirce por el planeta y también la colonia espacial se estrellará con la tierra. Douglas (un nuevo miembro de los hunters) encuentra un arma llamada Enigma con la que pueden destruir la colonia pero para activarla deben juntar algunas piezas enmenos de 15 horas.
Si no quieres perder a Zero y destruir con el Enigma la colonia sigue este orden y podrás lograrlo, almenos conmigo así es, de preferencia usa los mismos personajes, por si las dudas.
Primero entra en el nivel de Grizzli Slash usando a X. El nivel es en trenes, para pasar a otro tren tienes que dispararle al tren de donde saca los rayos, entonces empezará a destruirse y podráspasar al otro tren. LLegarás a una parte en la que comenzarás con los trenes destruyendose y tienes que llegar al próximo antes de que se acabe el tiempo. Si lo haces rápido podrás agarrar el tanque "E".
 Recuerda usar a X
Encuanto pases el último tren y puedas moverte ve hacia la pared, antes del carro verde, aprieta el boton del dash y luego brinca tratando de llegar arriba y así poder seguirsubiendo y obtener la primera parte de una de las armaduras.
Ahora solo continua hasta llegar con Grizzli. Derrotarlo es fácil, cuando comienzas lanza tres lunas hacia enfrente, saltará por el lugar hasta que salte y después caerá en deonde estes, apartir de ahora aparecerá cerca de donde estes para poder darte, por último caerá en medio y lanzará dos grandes lunas, ponte en la pared paraesquivar. Sigue haste ganar.

El siguiente es Addler (el de abajo), usa a Zero. Empezaras con un camino un poco díficil, especialmente para agarrar las bolas azules que hay. Si no puedes agarrarlas dejalas y pasa la primera parte. Ya que lo hayas hecho Zero disparará las bolas que juntante y si tubiste todas podrás agarrar la siguiente parte de la armadura.
Después continuá, en el camino tienes queatacar unas cosas que sirven para abrir unas puertas y puedas continuar. Si dejas de pegarles se regresarán y cuando se abran las puertas tienes que pasar rápido antes de que se cierren. Continuá hasta llegar con Adler.

Como me choca pelear contra él porque pare chicle, siempre se acerca a ti. Comienza flotando sacando 3 rayos que cuando tocan la pared o el suelo se convierten en esferas yrecorren el lugar, después crea en el suelo una corriente electrica para que sea más díficil esquivar sus ataques y a él. Por último se pone en el suelo o de un lado de la pared, estira sus tentaculos y saca unos rayos.
Para poder continuar tienes que pelear con Dynamo usando a X. Sus ataques son: hacer una barrera con su arma, que parece que es una espada, también la lanza hacia enfrente y regresa aél, por último brinca hacia donde estas e intenta darte con su espada.

El siguiente es el pegaso, usa a Zero. En este nivel al principio habrá unas bombas que si no las destruyes te causarán un gran daño. Como por la tercer bomba tendrás que usar el poder de Adler para destruirla pronto. Continuá y llegarás a un elevador que irá destruyendo algunos muros pero abajo se encuentra el tanque "W" porlo que tienes que bajar primero para poder agarrarlo.
 Recuerda usar a Zero
Cuando pases esta parte seguirá otra especie de elevador, sube en él y más arriba habrán picos, puedes avanzar hasta la orilla y luego te agachas y así no te darán o puedes ir por el lado pero puede que sea más complicado de esa manera. Después sigue otro elevador, ahora debes destruír las bombas que hay, en el primer...