Genómica Computacional

Genómica Computacional
Desarrollamos métodos de predicción de redes de regulación, factores de transcripción, promotores, operones y asociaciones funcionales entre los genes. Hemos iniciado modelos discretos de la red, comparada con datos de microarreglos; redefinido reguladores globales; analizado la topología de la red; y contribuido con nuevos análisis integrativos de regulación y censado.Además, estamos iniciando una etapa de verificación experimental del comportamiento predicho de la red.
Este programa ha proporcionado la bioinformática para la genómica en este Centro, en términos de investigación (anotación de bases de datos y análisis comparativos de la secuencia genómica de Rhizobium.etli), así como de educación. Diversos miembros del laboratorio están a cargo de cursos enciencias computacionales, bioinformática y biología de sistemas en nuestros programas de Licenciatura en Ciencias Genómicas.

Programa de Ecología Genómica
Este programa se concentra en el estudio de poblaciones bacterianas, su diversidad y taxonomía, así como en la base molecular de las funciones bacterianas que participan en las interacciones de las bacterias con las plantas, animales yhumanos. Además de estos aspectos de la investigación básica, se desarrollan aplicaciones para el mejoramiento del ambiente, la agricultura y la medicina.
El programa comprende dos grupos independientes con seminarios en común e interacción académica constante. El primer grupo de investigación estudia las bacterias fijadoras de nitrógeno en los nódulos de las legumbres, incluyendo árboles mexicanosutilizados en los programas de reforestación, poblaciones resábiales de la selva tropical y áreas cultivadas, endófitos rhizobiales del maíz y simbiontes artrópodos.
El segundo grupo de investigación tiene el objetivo de comprender la forma en que la superficie de las células bacterianas y sus membranas se alteran bajo condiciones de estrés o cuando entran en contacto con organismos superiores, asícomo las implicaciones funcionales asociadas con estos cambios.

Programa de Genómica Evolutiva
En el Programa de Genómica Evolutiva estamos interesados en estudiar los mecanismos de evolución de las bacterias desde los puntos de vista de la biología molecular, de la biología de sistemas, y de la genómica. Estamos especialmente interesados en bacterias que pueden establecer interaccionessimbióticas y patogénicas con otros organismos.


Programa de Genómica Funcional de Eucariotes
Este programa de investigación estudia a las PLANTAS, cómo representativas de los sistemas eucariotes.La investigación actual se enfoca en las plantas leguminosas. Las leguminosas pueden establecer simbiosis con bacterias de la familia rhizobiaceae para capturar el nitrógeno atmosférico directamente y asímantener el crecimiento vegetal. Las leguminosas juegan un papel importante en la agricultura sustentable: en el manejo efectivo de fertilizantes, en el mejoramiento de la calidad del suelo y en proteger a los mantos acuíferos de la contaminación.
La principal línea de investigación del grupo G Hernández / M Ramírez es: “La genómica funcional del frijol”. El frijol (Phaeolus vulgaris L.) es laleguminosa más importante para el consumo humano en el mundo; su producción en México es elevada y es la principal fuente proteica en la dieta humana.
Establece simbiosis con las bacterias fijadoras de N: Rhizobium etli y R. tropici. La producción de frijol es baja, en parte, por las plagas e insectos pero también por limitantes que incluyen las deficiencias nutricionales, la acidez del suelo y latoxicidad por metales. La secuencia genómica de P. vulgaris se liberó recientemente (www.phytozome.net). La plataforma de investigación incluye: la transcriptómica (micro-arreglos, RNA-seq), el perfil de expresión de los reguladores globales: factores de transcripción y micro- RNAs, la genética reversa (silenciamiento por RNAi, sobre-expresión) para el análisis de funciones génicas en plantas...