genoma aviar



Facultad Experimental de Ecología y Recursos Naturales
Escuela de Medicina Veterinaria
Profesor: Jose Suazo
Fecha de entrega:18/10/12











TUTORIAL: HERRAMIENTAS BÁSICAS DE BIOINFORMÁTICA



A continuación realizaremos algunos ejercicios básicos utilizando herramientas bioinformáticas en línea, para analizar secuencias de ácidos nucleicos y de proteínas.Objetivos

Conocer y aplicar las herramientas bioinformáticas básicas disponibles en Internet para analizar secuencias.
Utilizar bases de datos de secuencias y de patrones conservados.
Comprender la utilidad de la bioinformática en estudios de biología molecular y genómica.



Ejercicios

1) Con la siguiente secuencia de DNA, se desarrollan los ejercicios que se plantean a continuación. Laprimera parte tiene un enfoque desde la identificación de genes y luego de proteínas



Secuencia 5


CTGCAGCCATGAAGTGGGTAACATTAATTTCATTCATTTTCCTCTTCAGTTCAGCAACAT-
CCAGGAATCT
GCAAAGATTTGCTCGTGATGCAGAGCACAAGAGTGAAATTGCCCATCGCTACAATGATTT-
GAAAGAAGAA
ACATTTAAGGCAGTTGCCATGATCACATTTGCCCAGTATCTCCAGAGGTGCTCTTATGAA-
GGACTGTCTA
AGCTTGTGAAGGATGTTGTTGATCTGGCACAAAAATGTGTAGCCAATGAAGATGCTCCTG-AATGCTCAAA
ACCACTGCCTTCCATTATCCTGGATGAAATCTGCCAAGTGGAAAAGCTCCGTGACTCTTA-
TGGTGCAATG
GCCGACTGCTGTAGCAAAGCTGATCCTGAAAGAAATGAGTGTTTCCTGTCATTTAAAGTT-
TCCCAACCAG
ACTTCGTTCAGCCATACCAAAGACCAGCTTCTGATGTGATATGCCAGGAATACCAGGACA-
ACAGAGTGTC
ATTTCTGGGACATTTCATCTATTCTGTTGCAAGAAGACACCCCTTCTTGTATGCCCCTGC-
AATCCTTAGT
TTTGCTGTTGATTTTGAACATGCACTTCAAAGCTGTTGCAAAGAGAGTGATGTCGGTGCT-
TGCCTGGACACCAAGGAAATTGTTATGAGAGAAAAAGCCAAGGGAGTAAGTGTGAAGCAGCAGTATTTTT-
GTGGAATCTT
GAAGCAGTTCGGAGATAGAGTTTTCCAAGCACGACAACTTATTTACCTAAGCCAAAAATA-
CCCCAAGGCT
CCATTCTCAGAGGTTTCTAAATTTGTACATGATTCTATCGGCGTCCACAAAGAGTGCTGT-
GAAGGGGACA
TGGTGGAGTGCATGGATGACATGGCACGTATGATGAGCAATCTGTGCTCTCAACAAGATG-
TTTTCTCAGG
TAAAATCAAAGACTGCTGTGAGAAGCCTATTGTGGAACGAAGCCAGTGCATTATGGAGGC-
AGAATTTGATGAGAAACCTGCAGATCTGCCTTCATTAGTTGAAAAGTACATAGAAGATAAGGAAGTGTGT-
AAAAGTTTTG
AAGCAGGCCACGATGCATTCATGGCAGAGTTCGTTTATGAATACTCACGAAGACACCCTG-
AGTTCTCCAT
ACAGCTTATTATGAGAATTGCCAAAGGATATGAATCACTTCTGGAAAAGTGCTGCAAAAC-
TGATAACCCT
GCTGAGTGCTACGCAAATGCTCAAGAGCAACTGAACCAACATATCAAAGAAACTCAGGAT-
GTTGTGAAGA
CAAACTGTGATCTTCTCCATGACCATGGCGAGGCAGACTTCCTCAAGTCCATCCTGATCC-
GCTACACTAA
GAAAATGCCTCAAGTACCAACTGATCTCCTGCTTGAAACTGGAAAGAAAATGACAACTAT-
TGGTACTAAGTGCTGCCAGCTTGGTGAAGACAGACGCATGGCTTGTTCTGAGGGTTATCTGAGCATTGTG-
ATTCATGATA
CGTGCAGGAAACAGGAGACCACACCTATAAATGACAACGTTTCACAATGCTGCAGTCAGC-
TCTATGCTAA
CAGAAGACCATGTTTCACTGCTATGGGAGTAGATACCAAATATGTTCCTCCACCATTTAA-
TCCTGATATG
TTCAGCTTTGATGAAAAATTGTGCAGTGCTCCTGCTGAAGAACGAGAAGTAGGCCAGATG-
AAATTGCTAA
TCAACCTCATTAAACGCAAGCCCCAGATGACAGAAGAACAAATAAAGACAATTGCTGATG-
GTTTCACTGCCATGGTTGACAAGTGCTGCAAGCAGTCGGACATCAATACATGCTTTGGAGAAGAGGGTGC-
CAACCTAATA
GTCCAAAGCAGAGCCACATTAGGAATTGGTGCTTAAGACACGGTTGCCAGTGAGAAAAAT-
ACAAAGATAA
AA



1a) En la página del NCBI, encontrará una herramienta denominada BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Pinche el link de “nucleotide blast”.

¿Qué significa la sigla BLAST?

R: Basic Local Aligment Search Tool.
Encuentra regiones de similaridad entre secuencias.Compara secuencias de nucleótidos o proteínas para secuenciar bases de datos.
Determina la significancia estadística de las concordancias.
Puede ser usado para inferir relaciones funcionales o evolutivas entre secuencias así, como ayudar a identificar miembros de familias genéticas.

¿Qué base de datos utilizaría para su búsqueda considerando que no sabe si se trata de una secuenciacodificante para un gen y de que especie proviene?

R: Blast de colección nucleótida, ya que nos permite realizar una búsqueda general de todos los nucleótidos que se encuentren almacenados en una base de datos.

¿Qué otros reportes entrega este BLAST además de los alineamientos y que utilidad pueden tener?

R: Identifica Reportes de taxonomía y nos permite visualizar el árbol de distancia, que...