Genómica estructural

CONTIG

La construcción física del mapa del ADN a menudo incluye el aislamiento de grandes fragmentos  de ADN en clones, como los YAC y los BAC. Estos clones se analizan para determinar cuáles  contienen ADN en común, o en otras palabras cuales están superpuestos. Estos clones contiguos  constituyen un contig o cóntigo donde los clones adyacentes tienen en común parte de su secuencia. Los "contigs" son importantes porque brindan la posibilidad de estudiar un segmento del genoma  completo especialmente cuando se buscan genes con ciertas características y cuando se desea  establecer la secuencia de grandes fragmentos de un cromosoma.

YAC
El cromosoma artificial de levaduras o YAC (Yeast artificial chromosome) forma parte de los vectores de clonación de alta capacidad siendo, de hecho, el de mayor capacidad (200 kb ­ 3.000  kb). Fueron descritos por primera vez en 1983 por Murray y Szostack. Es un vector que pretende imitar las características de un cromosoma normal de una levadura  (eucariota), portando un centrómero y telómeros terminales. Esto permite clonar en levaduras (microorganismos eucariotas) secuencias de ADN de hasta un millón de pares de bases o más, al  comportarse como un cromosoma propio de la levadura. Son utilizados en construcción de genotecas genómicas, siendo muy extendido su uso en los  primeros años del Proyecto Genoma Humano. Sin embargo, son más inestables que otros vectores  como BACs (cromosoma artificial bacteriano), que han acabado imponiéndose.Los YAC tienen un origen de replicación relajado en procariotas, por lo que aparecen muchas copias  en cada bacteria (gran utilidad para producir masivamente el vector), pero un origen de replicación  estricto en levaduras, apareciendo sólo una copia por célula de levadura. Un YAC típico tiene: • ARS1: secuencia de replicación autónoma  • CEN4: centrómero del cromosoma IV, permite la segregación del plásmido durante la  división celular  • TELs: secuencias teloméricas.  •HIS3, TRP1, URA3: marcadores de selección en levadura confieren prototrofía para  histidina, triptófano y uracilo  • SUP4: cambia la mutación sin sentido ámbar (UAG) por la incorporación de tirosina.  Identifica las células que incorporan el vector, ya que las células huésped que portan esta  mutación ámbar, de color rosado, pasan a tener un fenotipo blanco. (Prototrofo para ade). 

BACBAC, o cromosoma artificial bacteriano, es un vector usado para clonar fragmentos de ADN (de  100 a 300 kb de tamaño; media de 150 kb) en Escherichia coli, basado en el plásmido factor­F  encontrado de modo natural en la bacteria E. coli. Es uno de los tipos de vectores de clonación conocidos como "vectores de alta capacidad", que incluye cósmidos, BACs, PACs y YACs (cromosoma artificial de levadura), por contraposición con  plásmidos, vectores derivadores de fago lambda, fagémidos y fásmidos, que son de baja capacidad. Los BACs son muy utilizados como vectores de clonación para la construcción de genotecas  genómicas, como en el Proyecto Genoma Humano. Su gran utilización se debe a su notable  capacidad, su gran estabilidad y su bajo porcentaje de quimerismo.Dado el gran tamaño de los BAC recombinantes las estrategias de introducción más eficientes han 

sido mediante electroporación. Un BAC típico consta de: • • • • •    : origen de replicación del factor F  OriS repE: control de la replicación del plásmido  parA, B, C: control de la replicación  CMr: cloranfenicol acetil­transferasa (CAT) (gen de resistencia a cloranfenicol) LacZ’: con un polilinker en su interior. Se usa para el ensayo de alfa­complementación. 

ESTs
Un marcador de secuencia expresada o EST (acrónimo del inglés expressed sequence tag) es  una pequeña sub­secuencia de una secuencia nucleotídica transcripta (codificante de una proteína o  no). Se pueden usar para identificar genes que se transcriben y en el descubrimiento de genes, y ...