gestor magic

Resumen
Antecedentes
Procesamiento de datos en bruto de secuencias de ADN es una tarea especialmente difícil para los relativamente pequeños laboratorios y las instalaciones básicas que producen hasta 5000 o más secuencias de ADN por semana de múltiples proyectos en muy diversas especies. Para responder a este reto, hemos desarrollado la flexible y escalable, y el procesamiento automatizado dela secuencia de paquetes descritos aquí.
Resultados
MAGIC-SPP es un paquete del procesamiento de la secuencia de ADN que consta de una base de datos relacional Oracle 9i, un oleoducto Perl, y las interfaces de usuario, ya sea aplicado como JavaServer Pages (JSP) o Java como una interfaz gráfica de usuario (GUI). La base de datos no sólo sirve como un repositorio de datos, sino también loscontroles de procesamiento de los archivos de traza. MAGIC-SPP incluye un interfaz administrativa, un sistema de gestión de información de laboratorio, y las interfaces para explorar las secuencias, la supervisión de control de calidad, resolución de problemas y los problemas relacionados con la secuenciación de las actividades. En la secuencia recorte algoritmo que emplea las nuevas característicasdiseñadas para mejorar el rendimiento con respecto a preocupaciones tales como enlaces concatenados, la determinación de la posición prevista de inicio de insertar un vector, y la ampliación de la longitud útil de las secuencias recortadas por salvar a corto regiones de baja calidad cuando los Siguiente segmento de alta calidad es lo suficientemente largo para justificar la posibilidad de hacerlo.Conclusión
MAGIC-SPP ha sido diseñada para reducir al mínimo el error humano, y al mismo tiempo ser robusto, versátil, flexible y automatizado. Ofrece una combinación única de características que permiten la administración por un biólogo con poca o ninguna información sobre antecedentes. Se adapta bien a la vez individual y programas de investigación básica.
Antecedentes
Como un individuo quecomenzó la investigación de laboratorio de alto rendimiento secuenciación del ADN en 1998. La experiencia acumulada con cinco independiente de secuencias expresadas (EST) etiqueta proyectos (sorgo, de pino, caballos, humanos, y la parasitosis ciliado Ichthyophthirius), BAC escopeta secuencia, y una variedad de aplicacionesespeciales, incluido el procesamiento de secuencias producido por otroslaboratorios o secuenciación Centros, dio lugar a un sistema nuevo diseño en 2002. El resultado fue la creación de un enfoque modular modulares a un enfoque genómicogenómica, integrado integrado y global base de datos completa base de datos de la base de datos de base de datos (DB MAGIC) y sus interfaces, que está diseñado para el descubrimiento de genes y de expresión aplicaciones [1]. MAGIC-SPP, quees el objeto de esta contribución, se ha creado para satisfacer nuestra necesidad de contar con una base de datos de secuencias de procesamiento de paquetes, muchos de los parámetros que podrían ser controladas por los biólogos utilizando una base en la Web interfaz gráfica de usuario (GUI). Aunque MAGIC-SPP puede funcionar como una herramienta independiente, el valor máximo se ejerce cuando seutiliza como parte integrante del sistema completo MAGIC (Fig. 1 en el archivo adicional 1].
Posiblemente el más utilizado independiente de la herramienta para el procesamiento de secuencias de hoy es Lucy [2], que se ha convertido en parte de las tuberías de procesamiento de datos de la secuenciación del genoma de varios centros [3 - 5]. ESTprep más reciente es una herramienta independiente parala pre-procesamiento de crudo cDNA secuencia dice, la identificación de características, tales como la clonación de vectores y de restricción de los sitios, y asegurando que sólo los de alta calidad dice proceder a etapas más avanzadas de análisis de datos [6]. Secuencia de herramientas de procesamiento también se han desarrollado como parte de los paquetes más amplios, incluido el paquete de...