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En una época ficticia entre los años treinta y cuarenta; un grupo de justicieros enmascarados llamados los Minutemen aparecen como respuesta a la actividad criminal y se dedican a combatir la injusticia. No obstante por distintas razones la agrupación se ve mermada y acaba desintegrándose, dejándole el control de la ciudad a la policía. Varios años después una nueva generación de súper héroesahora llamados Watchmen (vigilantes) se consolida para trabajar activamente en la sociedad. Sin embargo el político Richard Nixon convertido en presidente, despues de utilizarlos para ganar la Guerra de Vietnam y derogar la Vigesimosegunda Enmienda que prohibe que alguien pueda ser elegido Presidente de los Estados Unidos mas de dos veces; dicta la ley keene, un acta que vuelve los héroes ilegales yen consecuencia el grupo se retira su auto otorgado deber.
Unos años después Edward Blake mejor conocido como el comediante, un miembro de ambas generaciones de héroes y agente del gobierno retirado sufre de un terrible ataque en su apartamento por un extraño que al parecer conoce, liderando una violenta batalla que termina en su muerte. Los detectives a cargo de la investigación concluyen quefue un robo. Rorschach el ultimo vigilante activo al margen de la ley, cree que se trata de un golpe contra los enmascarados y se pone a investigar la muerte de sus antiguo compañero, así como también iniciar una búsqueda por sus antiguos colegas para advertirles de su teoría.
Rorschach visita a Daniel Dreiberg/Nite Owl II, Laurie Juspeczyk/Silk Spectre II y a Jon Osterman/Dr Manhattan con laesperanza de persuadirlos para retribuirse y protegerse de la supuesta amenaza, pero ninguno acepta la oferta. Cada uno creyendo llevar un estilo de vida normal, cuando en verdad esta repleta de problemas y complicaciones. Daniel vive su vida con cierta clase de vació y decepción extrañando ser un héroe pero negándose a reconocerlo. Por otra parte Laurie esta arrepentida de haber vivido como heroína yhaberse convertido en la segunda Silk Spectre por petición de su madre Sally Jupiter quien fue la primera Silk Spectre. Mientras en tanto Jon esta comenzando a perder su humanidad y empatía con todos en parte por ser el único miembro de su equipo que posee poderes que lo convierten en una especie de semi-dios. En respuesta la relación que lleva con Laurie se enfría y acaba de la peor manera. Dadoa la rivalidad que existía entre Rorschach y el héroe Ozymandias Daniel decide advertirle a Adrian Veidt/ozymandias otro miembro de los watchmen de la teoría de Rorschach. A diferencia del resto de su compañeros Adrian saco provecho de su identidad secreta como justiciero enmascarado y acabo produciendo millones de dolares en su intento por demostrarse que podía enriquecerse sin ayuda de suherencia.
El día del funeral de Blake; Daniel, Jon, Adrian y la envejecida Sally Jupiter recuerdan la relación que llevaron con el comediante y la influencia que fue para ellos. En medio de la investigación Rorschach, comienza a sospechar de William Edgar Jacobi/Moloch el místico un antiguo súper villano y enemigo de Blake quien asistió al funeral del mismo misteriosamente. El ex villano se justificaalegando que Blake irrumpió en su hogar unos días antes de su muerte ebrio y llorando como si tratase de redimirse.
En una entrevista con el Dr. Manhattan, un periodista comienza a acusar al ser de causarle cáncer a una serie de determinadas personas que fueron cercanas a el incluyendo a su ex novia Janey Slater. Sintiéndose responsable de condenar a los seres que mas amaba, Jon se exilia de latierra y va marte donde tras recordar su vida entera hasta su transformación en el Dr. Manhattan y su participación en la guerra de vietnam, el súper hombre crea un complejo sistema de cristal parecido al funcionamiento interno de un reloj. De regreso en la tierra Daniel y Laurie luego de tener una reunión inician una relación sentimental mientras Adrian recibe un ataque de un asesino a sueldo al...