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En la antigüedad fueron llamadas Siccae ('áridas'). Desde muy antiguo los hombres visitaron y habitaron las Islas Cíes. Se han encontrado en las Cíes restos arqueológicos que datan la presenciahumana sobre el 3500 a. C., si bien los restos del primer asentamiento humano de que se tiene constancia son un castro de comienzos de la Edad de Hierro. También se tiene constancia de un asentamiento quedata de la Edad de Bronce (entre el 500 y el 100 a. C.), es un castro situado en las laderas del monte Faro.

Por allí pasaron los romanos, dejando restos como un anillo de oro datado en el sigloII de nuestra era, así como ánforas, cerámica y diversos útiles que se exponen hoy en el Museo de Pontevedra, así como escritos de Estrabón, Plinio o Diodoro. Existen leyendas que mencionan lapresencia de Julio César en su lucha contra los Herminios.

En la Edad Media fueron habitadas por monjes de diversas órdenes, también estuvieron los Normandos. En el siglo XI estuvieron allí losbenedictinos, que las abandonaron y volvieron a finales del siglo XIII. En el siglo XIV se asentaron allí los franciscanos. También pasó por ahí la Orden de Cluny. De esta alternativa ocupación de las islasquedan como prueba los monasterios de San Estevo en la Isla do Faro y de San Martiño en la isla de su nombre, así como una fábrica de salazón sobre cuyos restos actualmente hay construido un restaurante.Las idas y venidas de los monjes eran debidas a que, por su cercanía a la ciudad de Vigo, el archipiélago era frecuentemente atacado y usado como base de operaciones por piratas turcos y normandos,así como armadas invasoras, como por ejemplo la inglesa, comandada por Francis Drake que asoló las poblaciones de la Ría de Vigo. Esta situación dura hasta el siglo XVIII, lo que acaba produciendo sudespoblamiento
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A mediados del siglo XIX se construye el primer faro en la Isla do Medio, que acaba llamándose Isla do Faro. En esa fecha las islas ya volvían a estar pobladas por algunas familias...