GUIA PRACTICOS DE INMUNO

INMUNOLOGÍA
BIO 505

PROFESORES RESPONSABLES
PAULA SANTANA
JÖRN BETHKE

INSTITUTO DE BIOLOGÍA
PUCV
2013
1

ANÁLISIS IN SILICO DE PROTEÍNAS PARA EL DISEÑO DE POSIBLES EPITOPES
En la actualidad múltiples herramientas de bioinformática permiten predecir las características o
propiedades de las proteínas a partir de su secuencia. A continuación serán presentadas algunas
herramientasbioinformáticas para la caracterización de proteínas a partir de la secuencia. La secuencia
en formato fasta de la hepcidina de 9,7 kD será utilizada como información de entrada a los servidores
de Internet con el objeto de demostrar la utilidad y ventajas de este tipo de aplicaciones
bioinformáticas de acceso gratuito.

ProtParam
URL: http://www.expasy.org/tools/protparam.html
Descripción:Permite el cálculo de parámetros fisicoquímicos de secuencias de proteínas tales como
composición de aminoácidos, pI, coeficiente de extinción, composición atómica, vida media estimada
(La predicción es generada para tres organismos: humanos (in vitro), levadura y Escherichia coli).
Permitiendo extrapolar el resultado a organismos similares. También calcula el índice de inestabilidad
(laproteína es estable cuando el valor es menor de 40, de lo contrario es inestable), índice alifático
(define el volumen relativo ocupado por las cadenas laterales alifáticas: alanina, valina, isoleucina y
leucina, pudiendo ser interpretado como un factor positivo para el aumento de la termoestabilidad de
proteínas globulares) y promedio de hidropaticidad (la suma de los valores de hidropaticidaddividido
entre el número de aminoácidos presente en la proteína) (Gill et al., 1989; Kite et al., 1982).
A continuación son mostrados los resultados hallados por el servidor Protparam para la secuencia de la
hepcidina de 9,6 kD.
Formato FASTA de Hepcidina 88 residuos de:
>tr|E7EJB5|E7EJB5_ONCMY Hepcidin OS=Oncorhynchus mykiss PE=4 SV=1MKAFSVAVAVVVVLACMFILESTAVPFSEVRAEEVGSIDSPVGEHQQPGSESMHLPEHFR-
FKR
QSHLSLCRWCCNCCHNKGCGFCCKF
Formato FASTA de Hepcidina 61 residuos de:
>sp|Q9DFD6|HEPC_ONCMY Hepcidin (Fragment) OS=Oncorhynchus mykiss GN=hamp PE=3
SV=1
LQVLTEEVGSIDSPVGEHQQPGGESMRLPEHFRFKRXSHLSLCRWCCNCCHNKGXGFCCK-
F

2

ProtScale
URL: http://www.expasy.ch/cgi-bin/protscale.pl
Descripción: Permite el cálculo y la representación en 2D de multitud de perfiles para una secuencia
deaminoácidos. ProtScale puede ser usado con 55 escalas predefinidas descritas en la literatura. Las
más frecuentes son las de hidrofobicidad o hidrofílicidad y escalas de parámetros conformacionales de
estructura secundaria (Gasteiger et al., 2005).
Plot de hidrofobicidad de proteínas
Tiene mucha utilidad en la predicción de dominios que abarcan la membrana (segmentos
transmembrana), sitiosantigénicos potenciales y regiones que están probablemente expuestas en la
superficie de la proteína.
Las escalas de hidrofobicidad más usadas son las siguientes:
1.
Kyte-Doolittle: Es una escala ampliamente aplicada para delinear el carácter hidrofóbico de una
proteína. Las regiones con valores por encima de 0 son hidrofóbicas en carácter.
2.
Hopp-Woods: Permite predecir regiones antigénicaspotenciales de polipéptidos. Los valores
mayores a 0 son hidrofílicos y, por consiguiente, probables de estar expuestos en la superficie de una
proteína en su conformación nativa.
Polaridad relativa de aminoácidos
La polaridad relativa de cada aminoácido ha sido determinada experimentalmente midiendo el cambio
de energía libre al trasladar un residuo dado de un solvente hidrofóbico al agua.La energía libre de
transferencia varía desde muy exergónica para residuos cargados o polares a muy endergónica para
aminoácidos con cadenas laterales aromáticas o alifáticas. Para estimar la hidrofobicidad total de una
secuencia de aminoácidos, uno suma las energías libres de transferencia para dichos residuos,
obteniendo un índice hidropático para aquella región. Para buscar segmentos...