Guia Rapida COMPARACION SECUENCIAS

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GUÍA RÁPIDA
DEL PROCESO DE IDENTIFICACIÓN Y ANÁLISIS
FILOGENÉTICO DE RECURSOS GENÉTICOS,
BASADO EN LA COMPARACIÓN DE SECUENCIAS
DE ADN.
CASO PARTICULAR DE BACTERIAS.
Programas CHROMAS, DNA Star, EZ-TAXON, MEGA y CLUSTAL.

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México. 2014.

Fernando González Andrés.

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I.LIMPIEZA DE LA SECUENCIA EN EL PROGRAMA CHROMAS.
1. ABRIR EL CROMATROGRAMA .

Pg. 5
Pg. 5

2. ELIMINAR LOS EXTREMOS EN LOS QUE LA IDENTIFICACIÓN DE
BASES NO ES FIABLE.
Pg. 6
3. VOLTEAR LA SECUENCIA “R” (REVERSA) Y OBTENER LA
COMPLEMENTARIA.

Pg. 8

II. OBTENCIÓN DE LA SECUENCIA CONSENSO O “CONTIG” CON EL
PROGRAMA DNASTAR
Pg. 9
1. OBTENER AUTOMÁTICAMENTE LA SECUENCIA CONSENSO CON EL
SUBPROGRAMA SEQMAN .Pg. 9
2. ABRIR LA SECUENCIA CON EL PROGRAMA Edit Seq .

Pg. 16

III. IDENTIFICACIÓN DE LA BACTERIA PROBLEMA POR COMPARACIÓN DE
LA SECUENCIA DEL GEN 16S rRNA CON LA BASE DE DATOS EN LA QUE
FIGURA ESTA SECUENCIA PARA TODAS LAS BACERIAS TIPO,
DENOMINADA EZ-TAXON.
Pg. 18

IV. ANÁLISIS DE LAS RELACIONES FILOGENÉTICAS ENTRE UBC.
Pg. 20
1. REALIZAR EL ALINEAMIENTO MÚLTIPLE UTILIZANDO EL PROGRAMA
MEGA.
Pg.21
2. CONSTRUIR EL ÁRBOL FILOGÉNÉTICO CON EL PROGRAMA MEGA.
Pg. 29

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Básicamente la técnica consiste en comparar la secuencia de un determinado gen o espacio
intergénico, entre diferentes accesiones (UBC). Normalmente se compara lasecuencia de una
o varias UBC problema contra la misma secuencia de accesiones depositadas en las bases de
datos.
En primer lugar hay que limpiar la secuencia, a continuación hacer el “contig” y finalmente
comparar la secuencia con las que están depositadas en las bases de datos, que es lo que se
denomina alineación.
Esta alineación puede tener una doble finalidad: (i) Por una parte puede tener comoobjetivo
identificar la UBC en estudio por comparación, dos a dos, con las secuencias depositadas en
las bases de datos. (ii) El segundo objetivo es realizar un estudio filogenético de la UBC. En
este caso se realizarán comparaciones múltiples (lo que se denomina alineamiento múltiple) de
la secuencia correspondiente a la UBC problema, con la misma secuencia en otras accesiones
que esténfilogenéticamente próximas
El ejemplo que se presenta corresponde a la secuencia del gen 16S ADN de bacterias de suelo

I. LIMPIEZA DE LA SECUENCIA EN EL PROGRAMA CHROMAS.
1. ABRIR EL CROMATROGRAMA .
La extensión del cromatograma debe ser *.abi, *.ab1, *.scf, o *.esd.
Para observar el cromatograma, no solamente la secuencia en forma de texto, debe pulsarse
el icono señalado en la figura.

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2. ELIMINAR LOS EXTREMOS EN LOS QUE LA IDENTIFICACIÓN DE BASES NO
ES FIABLE.
Es necesario realizar este proceso en ambos extremos.
En el extremo izquierdo se selecciona con el ratón, la base a partir de la cual la secuencia es
aceptable (leyendo de izquierda a derecha), y en el menú “Edit” se elige la opción “Set Left
Cutoff”, conlo que la secuencia situada a la izquierda de dicha base queda resaltada en
amarillo para su posterior eliminación.

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En el extremo derecho se selecciona con el ratón, la base a partir de la cual la secuencia
NO es aceptable (leyendo de izquierda a derecha), y en el menú “Edit” se elige la opción
“Set Right Cutoff”,con lo que la secuencia situada a la derecha de dicha base queda
resaltada en amarillo para su posterior eliminación.

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Para hacer efectivo el corte, dentro del menú “Edit” se pulsa “Delete Cutoff Sequences”, con
lo que desaparece la secuencia pero no el cromatograma.

A continuación se graba la secuencia con el...