guia rapida NTSYS ver 22

GUÍA RÁPIDA DEL PROGRAMA NTSYSpc ver.2.20N.
Programa de análisis multivariante específicamente diseñado para
estudios de caracterización de germoplasma vegetal.

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2014.

Fernando González Andrés.

Curso Intensivo de Postgrado. UACH. México 2014.

Fernando González Andrés.

INDICE DEL CONTENIDO
1. APLICACIÓN A DATOS FENOTÍPICOS MORFOLÓGICOS OMOLECULARES: MULTI-ESTADO
CUALITATIVOS O CUANTITATIVOS, O DOBLE-ESTADO.
Pg. 5
1.1. PREPARACIÓN DE LA MATRIZ BÁSICA DE DATOS.

Pg. 5

1.2. ESTANDARIZACIÓN Y TRANSFORMACIONES EN LA MATRIZ BÁSICA
DE DATOS.

Pg. 6

1.2.1. Opción 1. Utilizar el módulo “Standardization” de NTSYS.

Pg. 6

1.2.2. Opción 2. Utilizar el módulo “Transformation” de NTSYS.

Pg. 7

1.3. ANÁLISIS DE COMPONENTES PRINCIPALES (DATOSCUANTITATIVOS).

Pg. 8

1.3.1.

Obtener una matriz de correlación entre caracteres o de varianzas – covarianzas.
Pg. 8
1.3.1.1. Opción 1: Calcular una matriz de correlación entre caracteres Pg. 8
1.3.1.2. Opción 2: Calcular una matriz de varianzas – covarianzas.

Pg. 9

1.3.2.

Obtener los Componentes Principales sin rotar y el gráfico de las saturaciones
factoriales
Pg. 10

1.3.3.

Obtener los ComponentesPrincipales rotados y el correspondiente gráfico de
saturaciones factoriales.
Pg. 12

1.3.4.

Proyectar cada una de las UBC sobre los tres o dos primeros componentes
principales.
Pg. 16

1.4. ANÁLISIS DE AGRUPAMIENTOS PARA DATOS MULTI-ESTADO.

Pg.19

1.4.1. Agrupamiento en base a todos los caracteres analizados, cuando éstos son de tipo
multi-estado cualitativo o cuantitativos.
Pg.19
1.4.1.1.Estandarización y otras transformaciones en la matriz básica de datos.
Pg.19
1.4.1.2. Determinar la matriz de similitud entre las UBC.

Pg.19

1.4.1.3. Calcular y dibujar el dendrograma.

Pg. 20

1.4.2. Agrupamiento en base a los primeros componentes principales (los que recogen una
mayor variabilidad).
Pg. 22
1.4.2.1. Determinar la matriz de similitud entre las UBC.

Pg. 22

1.4.2.2. Calcular ydibujr el dendrograma y dibujarlo.

Pg. 23

1.5. ANÁLISIS DE AGRUPAMIENTOS PARA DATOS DOBLE-ESATDO).

Pg. 23

1.5.1. Determinar la matriz de similitud entre las UBC.

Pg. 23

1.5.2. Calcular y dibujar el dendrograma.

Pg. 24

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Fernando González Andrés.

2. APLICACIÓN A MARCADORES MOLECULARES CODOMIENTANTES INTERPRETADOS
GENÉTICAMENTE..
Pg. 25
2.1.OBTENCION DE LAS FRECUENCIAS ALÉLICAS.

Pg. 25

2.1.1. Preparación de la matriz básica de datos con 0/1/2

Pg. 25

2.1.2. Obtención de las frecuencias alélicas

Pg. 30

2.2. DETERMINAR LA MATRIZ DE SIMILITUD GENÉTICA ENTRE LAS
2.3. CALCULAR Y DIBUJAR EL DENDROGRAMA

Pg. 32

3. TEMAS COMPLEMENTARIOS.

Pg. 33

3.1. VISUALIZACIÓN E IMPRESIÓN DE CUALQUIER ARCHIVO GENERADO POR ALGUNO
DE LOS SUBPOGRAMAS.Pg. 33
3.2. VOLVER A DIBUJAR DENDROGRAMA O PROYECCIONES DE UBC SOBRE
COMPONENTES PRINCIPALES.

Pg. 34

3.3. VALIDACIÓN DEL ANÁLISIS DE CONGLOMERADOS

Pg. 36

3.3.1. Cuantificación de la distorsión debida al método de agrupación empleado mediante
la elaboración de la matriz cofenética.
Pg. 36
3.3.1.1. Calcular la matriz de cofenética (matriz diagonal) a partir del
fenograma.
Pg. 36
3.3.1.2. Compararla matriz de similitud original y la matriz cofenética.
Pg. 36
3.3.2. Comparación de la similitud entre diferentes métodos de caracterización.

Pg. 38

3.3.2.1. Opción 1: Comparar las matrices de similitud.

Pg. 38

3.3.2.2. Opción 2: Medir la coincidencia entre las estructuras taxonómicas
derivadas de las matrices de similitud.
Pg. 39
3.3.3. Métodos de remuestreo en las matrices de datos:Bootstrapping.
3.3.3.1. Obtención de las matrices remuestreadas

Pg. 40
Pg. 40

3.3.3.2. Obtención de una matriz de similitud por cada una de las matrices
remuestreadas.
Pg. 41
3.3.3.3. Obtención de la matriz de similitud promedio.

Pg. 42

3.3.3.4. Calcular y dibujar el dendrograma a partir de la matriz de similitud
promedio.
Pg. 43

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