Histo

ARTICULO 4 I. INTRODUCCIÓN
En 1995, el genoma del ratón enciclopedia proyecto (Hayashizaki, 2003a) se inició. El objetivo de primera mano el proyecto fue el desarrollo de un amplia colección de completa - clones de ratón cDNA de longitud y de nucleótidos de la la secuenciación de estos clones. La información acumulada secuencia de nucleótidos del total - longitud de clones de cDNA fueronanotados por un equipo internacional consorcio, la anotación funcional de cDNA de ratón (FANTOM) Proyectos 1 y 2 (Kawai et al, 2001;.. Okazaki et al, 2002). Estos esfuerzos reveló la amplitud inesperada y variedad de mamíferos en la expresión del RNA. Una nueva capa de complejidad al pasar el ratón transcriptoma se añadió dentro del proyecto FANTOM3 (Carninci et al, 2005, 2006,. Katayama et al., 2005).El análisis de la tapa de la expresión génica (CAGE) y etiquetas de genes identificación de la firma / firma de clonación de genes (SIG / SGC) ditags han sido recoge y reproduce en el genoma del ratón (Carninci et al., 2005, 2006). El concepto de un "continente de ARN" parece describir la diversidad de el transcriptoma de ratón (Hayashizaki y Kanamori, 2004; Suzuki y Hayashizaki, 2004). Estecontinente ARN puede ser descrito con dos diferente mapas. Uno de los mapas es el mapa físico del transcriptoma de ratón secuencias genómicas de ADN y el otro es el mapa funcional, que es siendo hipotético. La geografía del continente ARN en el primer mapa se puede se describe molecularmente por la cartografía y anotaciones manuales de ADNc clones y las etiquetas de JAULA / GIS / SGC en las secuenciasgenómicas. En este capítulo, se trata de describir lo que se encontraron en el transcriptoma del ratón y el significado biológico de los descubrimientos en la comprensión de los mamíferos genoma actividad.
El mapa del continente de ARN funcional, sigue siendo fragmentada y parcial. Desde el establecimiento del "dogma central" (Crick, 1958), los científicos tienen tratado de describir lasinteracciones funcionales de las proteínas como un diagrama de flujo de la red o un mapa (Rual et al, 2005;. Vidal, 2001). Hoy en día, se sabe que muchos ARNs funcionales noncoding (ncRNAs), tales como ARN ribosomal y la transferencia ARN, desempeñan un papel esencial en la expresión génica. La mayoría de estos ncRNAs reaccionar como moléculas funcionales en el ARN mensajero (ARNm) de procesamiento y losmecanismos de traducción y se transcriben con la RNA polimerasa I o III (Paule y White, 2000). Por lo tanto, ellos son distintos de los mRNAs, que se consideran las plantillas para la síntesis de proteínas y transcritas se con la RNA polimerasa II. El descubrimiento de los muchos ncRNAs transcritos por ARN polimerasa II en los proyectos FANTOM implica que muchos distinta moléculas ncRNA se puedecolocar como importantes factores de regulación en una variedad celulares de las vías funcionales (Mendes Soares y Valcárcel, 2006). De ahora en adelante, a menos que se especifique lo contrario, nos referimos a ncRNA como un ARN transcrito por la RNA polimerasa II con un marco de lectura de menos de 100 amino residuos de ácido (Okazaki et al., 2002). En este capítulo se presentará la geografíaconocida del ARN funcional continente a la luz de la investigación del cáncer. La aventura en el nuevo continente acaba de started.Wewill sido discutir las perspectivas de nuestro futuro journey.We Esperamos mostrar una brújula para nuestra aventura en este capítulo.
II. ¿Qué técnica resulta adecuada para analizar TRANSCRIPTOMA los mamíferos?
¿Cómo podemos saber la actividad de la transcripciónen células de mamífero como un conjunto? Una respuesta clara es el uso de análisis de perfiles genéticos sobre la base de la tecnología de microarrays. Los recientes progresos en la generación de oligonucleótido litografía hace que sea posible montar más de cien mil sondas en un chip, lo suficiente para cubrir la mayor parte de la proteína deducida de codificación - secuencias en un genoma de...