Histoplasma

Rev Iberoam Micol. 2012;29(1):34–39

Revista Iberoamericana de Micología
www.elsevier.es/reviberoammicol

Original article

Selection and optimization of PCR-based methods for the detection of Histoplasma capsulatum var. capsulatum
Ivanete De Lima Sampaio a,b , Ana Karla Lima Freire a,b , Mauricio Morishi Ogusko c , Júlia Ignez Salem c , João Vicente Braga De Souza b,c,∗
a b c

Collegeof Health Sciences, Universidade do Estado do Amazonas, Manaus, AM, Brazil Fundacão de Medicina Tropical do Estado do Amazonas, Manaus, AM, Brazil ¸ Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia, Manaus, AM, Brazil

a r t i c l e

i n f o

a b s t r a c t
Background: Current methods for the laboratory diagnosis of histoplasmosis are problematic in terms of their sensitivity, specificity andruntime. Objectives: Thus, in this study, we sought to select and optimize methods for the detection of Histoplasma capsulatum var. capsulatum by polymerase chain reaction (PCR). Methods: Three DNA extraction methods and three PCR methods were evaluated. We optimised the concentration of the components of this PCR reaction and determined its sensitivity and specificity using blood samples to whichH. capsulatum had been added. Results: The DNA extraction method that yielded the highest-quality DNA used silica membranes (DNeasy Blood & Tissue Kit, Qiagen, Hilden, Germany), and the amplification method with the best detection capacity used a target gene encoding a 100-kDa protein. Our optimisation of the PCR conditions indicated that the reaction works over a significant range of componentconcentrations; in addition, it was able to detect H. capsulatum better than traditional culture techniques, with a detection limit of only 10 pg of DNA. Conclusions: In our experimental conditions, the PCR method selected in this work (instead of nested-PCR) is a tool sensitive enough for the diagnosis of histoplasmosis. © 2010 Revista Iberoamericana de Micología. Published by Elsevier España, S.L.All rights reserved.

Article history: Received 5 October 2010 Accepted 15 March 2011 Available online 20 April 2011 Keywords: Histoplasma capsulatum Histoplasmosis Diagnosis PCR

Selección y optimización de los métodos basados en PCR para la detección de Histoplasma capsulatum var. capsulatum r e s u m e n
Palabras clave: Histoplasma capsulatum Histoplasmosis Diagnóstico PCR

Antecedentes:Los métodos actuales para el diagnóstico de laboratorio de la histoplasmosis son problemáticos si consideramos los valores de sensibilidad, especificidad y tiempo de ejecución. Objetivos: En este estudio hemos tratado de seleccionar y optimizar los métodos para la detección de Histoplasma capsulatum var. capsulatum mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Métodos: Se evaluaron tresmétodos de extracción de ADN y tres métodos de PCR. Se optimizó la concentración de los componentes de esta reacción de PCR y se determinó su co-positividad (sensibilidad) y ˜ co-negatividad (especificidad), utilizando muestras de sangre a las que se había anadido H. capsulatum. Resultados: El método de extracción que dio el ADN de más alta calidad utiliza membranas de sílice (DNeasy Blood & TissueKit, Qiagen, Hilden, Germany), y el método de PCR con mayor capacidad de detección es el que incluye un gen diana que codifica una proteína de 100 kDa. Nuestra optimización de las condiciones de PCR indicaron que la reacción trabaja en un rango significativo de las concentraciones de componentes y, además, fue capaz de detectar H. capsulatum mejor que las técnicas de cultivo tradicional, con un límitede detección de solo 10 pg de ADN.

∗ Corresponding author. E-mail address: joaovicentebragasouza@yahoo.com.br (J.V. Braga De Souza). 1130-1406/$ – see front matter © 2010 Revista Iberoamericana de Micología. Published by Elsevier España, S.L. All rights reserved. doi:10.1016/j.riam.2011.03.008

I. De Lima Sampaio et al. / Rev Iberoam Micol. 2012;29(1):34–39

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Conclusiones: En...