Historia

R commander (Rcmdr) - R para seres humanos

 Para los que no lo sepan, el R commander es un paquete del programa de estadística R que le da una interfaz gráfica a algunas de las funciones básicas y más comunes. Para los que no estén acostumbrados al uso del R y deban recurrir a algún manual para conseguir las funciones, les recomiendo que prueben el R commander porque ayuda a ir más rápido y aentender la lógica del funcionamiento del R. 

ACÁ hay una guía con funciones para complementar al R commander y ACÁ una guía para hacer gráficos. 

1. Descripción

Así se ve el R commander: 

 En la ventana de arriba se escriben los comandos (si uno elige algo del menú, el comando aparece escrito en esa ventana, lo que ayuda a aprender un poco el uso del R, y además, permite modificar loscomandos si tenemos que hacerle algún pequeño ajuste. 
 En la ventana del medio se presentan los comandos en color rojo (una vez que son ejecutados) y los resultados (en azul). 
 En la de abajo van las notas, los avisos y los errores que largue el R. 

Así se ve el R commander después de hacer un ANOVA (sin escribir nada en la ventana de instrucciones, todo hecho desde el menú): 

Estos sonalgunos de los menús: 

2. Instalación

 Para instalar el R commander hay que seguir una serie de pasos 
 1. Como es un complemento del R, hay que tener instalado el R, para los que no lo tengan y lo quieran probar: 
1.a.  ACÁ la versión para Windows. 
1.b.  Las instrucciones para las distintas versiones de Linux están ACÁ 
*  Para los que tengan Ubuntu y derivados, conviene agregar elrepositorio del R poniendo en la terminal: 

deb http://<mirror.de.cran>/bin/linux/ubuntu natty/
hay que reemplazar <mirror.de.cran> por cualquiera de ESTA LISTA (sin el "http://" ) ; y hay que reemplazar el natty por la versión de Ubuntu que tengan (karmic, lucid, maverick, etc.). 

Para agregar la llave hay que poner en la terminal: gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 
gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

y después, para instalar el R: 

sudo apt-get update 
sudo apt-get install r-base r-base-dev

 2.  Entrar al R e instalar el paquete R commander (Rcmdr) y sus dependencias (en Linux es mejor entrar como root, o sea, sudo R). 
 Todo este proceso tarda un siglo!: 

install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE)

 3. Para iniciar el Rcommander hay que poner en el R: 
library("Rcmdr")

Si quieren que el R commander inicie cuando se entre al R, hay que editar el archivo Rprofile.site (en Linux está en /etc/R) y agregarle esto: 
local({ 
old <- getOption("defaultPackages") 
options(defaultPackages = c(old, "Rcmdr")) 
})

Otra opción es editar el archivo Renviron.site y agregar esto al final: 
R_DEFAULT_PACKAGES='Rcmdr' No hagan que el R Commander inicie junto con el R si van a instalar el complemento para calcular diversidad (ver abajo), porque no les va a funcionar, ya que se tiene que cargar primero el complemento y después el R Commander. 

Para más detalles o por problemas particulares vayan a las fuentes (abajo del todo). 

Por algunos problemas de dependencias, algunas veces el R o el R commanderno se instalan completamente, para solucionar esto, primero hay que entrar al R, después: 

update.packages()

Ahí les va a dar una lista de paquetes para actualizar, le dicen que sí (y) a todos. Va a instalar uno por uno, si son muchos es un lío seguir los errores, por lo que una vez que termine conviene poner update.packages() otra vez. Si vuelven a aparecer paquetes para actualizar es porquea esos les fallan algunas dependencias. Lo mejor es instalar de a uno para no tener problemas y poder seguir los errores. 

3. Complementos

Una de las grandes ventajas del R y R Commander es que al ser software libre permiten que cualquiera le vaya agregando complementos, funciones, paquetes, etc. 

BiodiversityR 

Este complemento agrega un nuevo menú al R Commander con el que se...