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El conflicto se inició en 1856, cuando el presbítero Francisco Martínez Garfias, deán de la Catedral Metropolitana de Santiago, expulsó a un sacristán llamado Pedro Santelices. Éste buscóapoyo en el tribunal eclesiástico para revertir tal situación. El tribunal falló a su favor, razón por la que el deán recurrió a un tribunal superior en La Serena, el cual enmendó la sentenciarecurrida. La Corte Suprema de Justicia, en uso de sus atribuciones, falló a favor de los clérigos y resolvió que el sacristán volvería a su puesto.
La resolución de la Corte final no fuereconocida por el entonces Arzobispo de Santiago, para quien esto suponía aceptar la competencia civil en asuntos eclesiásticos y, por tanto, desistió en reponer al sacristán en su cargo,rebelándose al fallo. El caso era propicio para poner en una situación incómoda al presidente Manuel Montt, a quien el clero y los sectores más conservadores de la sociedad se oponían por su visióndel Estado y la sociedad.
El presidente Montt se encontró con una disyuntiva. Por un lado no podía oponerse a la ejecución del fallo de los tribunales de la República y, al mismo tiempo,comprendiendo que la situación favorecería a sus opositores que buscaban cualquier excusa para alzarse contra su gobierno, pidió, mediante su ministro Antonio Varas, a los eclesiásticosmiembros del tribunal y al sacristán retirasen su querella contra el deán.
Como resultado de este hecho, muchos conservadores que apoyaban el gobierno de Manuel Montt se distancian de éste por sutendencia patronatista. Gracias a esta lejanía, estos conservadores encontraron apoyo en los liberales que habían sido sistemáticamente excluidos de los gobiernos durante la época llamadaRepública Conservadora. De esta reunión nació la Fusión Liberal-Conservadora, coalición que resultaría vencedora en la elección presidencial de 1861 con José Joaquín Pérez como candidato.