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Con el tiempo el poder político y económico de la Iglesia aumentó hasta el grado de enfrentarse al gobierno virreinal. Algunos clérigos encontraron en las nuevas tierras la oportunidad deenriquecerse y obtener poder. El rey y los virreyes trataron de evitar esta situación, y promulgaron leyes que prohibían a la Iglesia adquirir bienes o recibirlos en donación de los particulares, pero estasdisposiciones no fueron cumplidas.

El poder de los virreyes se enfrentó muchas veces con el del clero. La Inquisición tenía la facultad de acusar de herejía a personajes del gobierno, aun a losoidores; sólo el virrey quedaba a salvo de este tribunal.

El poder civil y el religioso en ocasiones se apoyaban mutuamente para lograr sus propósitos, pero en otras ocasiones tuvieron enfrentamientos.A mediados del siglo XVIII el rey de España, Carlos III, intentó limitar el poder del clero, especialmente de los jesuitas que muchas veces se habían opuesto a sus mandatos, y decretó la expulsiónde esta orden en toda la América, cosa que se llevó a cabo en 1767.

Las obras a que se dedicaban los jesuitas quedaron abandonadas y los bienes de la orden pasaron a manos de la Corona. Losfieles se levantaron en contra de la expulsión, pero fueron reprimidos

La Iglesia fue enriqueciéndose durante la época colonial. Las fuentes de esta riqueza fueron las siguientes:

Los territoriosque el rey otorgó al clero para fundaciones religiosas, conocidos como mercedes reales.
Las limosnas y herencias que los ricos daban para las fundaciones piadosas, celebración de misas y otrosoficios para el descanso de sus almas.
El diezmo, o sea la décima parte del producto de las cosechas y demás trabajos, que era obligatorio para todos los fieles.
Las dotes que tenían que entregar lasmuchachas que deseaban o eran obligadas a ingresar a los conventos.
Las limosnas que se recogían en las misas, el pago por bautizos, bodas, etc. y por las celebraciones de las fiestas de los...