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Nació en el Tocuyo (Estado Lara) el 19 de septiembre de 1.858. Sus padres fueron Rafael Alvarado y Gracia Benigna Marchena.
En 1.866 a la edad de 8 años, recibe de niño la primera y másdecisiva influencia de su vida: el contacto con los clásicos y el conocimiento del latín en el Colegio La Concordia de El Tocuyo, regentado por su padrino y maestro Egidio Montesinos.
En 1.871 obtiene eltítulo de bachiller en Filosofía en el Colegio Nacional de Varones de Trujillo.
En 1.877 José Gil Fortoul funda en el Tocuyo, el primer periódico impreso de esa ciudad, “El Aura Juvenil”. LisandroAlvarado colabora frecuentemente en sus columnas. La falta de recursos económicos obliga a suspender sus estudios para trabajar como dependiente de una farmacia en Barquisimeto.
En 1.878, con tan sólo20 años, se traslada a Caracas para cursar estudios de medicina. En la Universidad encuentra a Adolfo Ernst, profesor alemán en Botánica y Zoología, y Rafael Villavicencio, profesor de HistoriaUniversal. Cursó Derecho Romano y Canónico, Mineralogía, Cálculo Superior y Medicina. Se inscribió en la Academia Militar de Matemáticas y asistió a Cátedra de Filosofía Intelectual del Colegio Santa María,regenta por el Dr. Elías Rodríguez.
En 1.881, por medio de Cecilio Acosta pudo conocer a José Martí quien tuvo una importante influencia en su visión de la vida y la ciencia.
En 1.882 se reúnejunto a Zumeta, Revenga, López, Méndez, en la Sociedad “Amigos del Saber”. En la “Revista Venezolana” publica su primer ensayo. El 17 de junio de 1.884 se gradúa de bachiller en Ciencias Médicas, sutesis: “Indicaciones y Contraindicaciones de la punción en los quistes hidráticos del hígado”, “Tumores fibrosos del útero: patogenia, diagnóstico y tratamiento”.
El 2 de agosto del mismo año se gradúa deDoctor en Medicina con la tesis: “La Termometría es uno de la patología”, “Diagnostico de la hernia inguinal”.
En 1.886 figura entre los oradores del Colegio “San Agustín” (en Barquisimeto) y...