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Conceptos básicos

Virión VIH-1
Estructura del virión: La parte central de la nucleocápside contiene dos copias del genoma viral (ARNss),   proteínas del núcleo y transcriptasa inversa. La envoltura que lo rodea está compuesta de lípidos (derivados de la célula huésped), y glicoproteínas virales (gp120 y gp41).

Genoma del VIH-1
Genes estructurales
Gag: núcleo viral.(cápside (CA), matrix(MA),nucleocápside(NC)) CA: se une a las ciclofilinas; NC:se une al ARN; MA: posee una señal de localización nuclear (NLS).
Pol: enzimas: transcriptasa inversa (RT); ARNsa H; proteasa (PR); integrasa (IN). RT yPR son los objetivos principales de los fármacos antivirales. IN contiene NLS; RT es responsable de la mutación viral.
Env: envoltura viral (glicoproteínas de superficie (gp120/SU),transmembrana (gp41/TM)). El gp120/SU se une al receptor CD4 y el TM se funde con la membrana celular.
Genes de transactivación: genes esenciales para la replicación in vitro:
Tat:   transactivador de la transcripción viral, se une a la región afín Tar del ARN, acelera la transcripción viral.
Rev: regula la expresión viral, se une a una región afín RRE del ARN, regula el transporte y unión de lassecuencias del ARN viral.
Genes accesorios: genes no esenciales para la replicación viral in vitro.
Nef:   factor negativo(nombre erróneo), regula a la baja el CD4; MHC-I; se une a las quinasas celulares, esencial para la inducción de la enfermedad in vivo.
Vpu: proteína viral desconocida: regula a la baja el CD4, MHC-I; promueve la liberación viral, excepto en el VIH-2.
Vif:  factor deinfectividad viral: facilita la maduración del virión.
Vpr: proteína viral regulatoria: detiene la proliferación celular, contiene un NLS.
Vpx: proteína viral X(solo en los VIH-2): permite la inefcción de los macrófagos y la diseminación viral.
Características principales del genoma VIH-1
1. Regulación a la baja de CD4. Mucha información genética se dedica a regular a la baja el CD4 (nef, env, vpu), loque indica que éste hecho debe de ser una propiedad biólogica importante. Es probablemente importante regular a la baja el CD4, porque así se facilita la liberación de los viriones de las células infectadas
2. Señales de localización nuclear (NLS): Se ha informado de la presencia de NLS en  tres productos genéticos virales (Cpr, IN, y MA), sugiriendo que éste fenómeno también puede constituiruna propiedad biológica importante. Las señales NLS permiten al complejo  VIH-1 de entrar al núcleo de las células que no se dividen, como los macrófagos.
3. Nef: El gen nef es crítico para la inducción de la enfermedad.
4. Activación de células T: El VIH-1 gp120 (se une al CD4) y Nef (interacciona con las quinasas celulares) pueden, en cierto grado, activar las células T, lo que puede ayudar apromover la replicación del VIH-1 (El VIH-1 se replica de modo más eficiente en las células T activadas, porque contienen altos niveles de factores de transcripción, los cuales intensifican la replicación viral;  factores como el NFkB).
5. Inhibición de MHC clase I: Vpu y Nef pueden regular a la baja la expresión de las moléculas Clase I del MHC en la superficie celular. Las moléculas Clase I delMHC son esenciales  para el reconocimiento inmunológico y el ataque por las células citotóxicas T. El VIH evade también la inmunidad del huésped por el camino de la mutación genética, glicosilación de Env y por otros mecanismos.
Proteínas  del  Virión
Proteínas de la cápside (núcleo del virión)
Las proteínas de la cápside son productos del gen  gag. Los productos gag incluyen: la Matrix (MA), la Cápside (CA), y las proteínas de la nucleocápside (NC), que derivan de la proteolísis de la poliproteína Gag, Pr55gag.. La fragmentación está mediada por la proteasa viral  (PR), la cual es el objetivo de numerosos fármacos antivirales.
MA (proteína matrix): Se cree que el MA interacciona con las proteínas transmembranosas de la envoltura viral (TM). Una interacción que puede ayudar a...