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Nació en Bahia Blanca, el 8 de octubre de 1927 César era el segundo de tres hermanos.
Cursó el colegio secundario en Bahía Blanca y luego se trasladó a la CapitalFederal para estudiar en la Universidad de Buenos Aires(UBA). Se graduó de Licenciado en Ciencias Químicas en la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, a los 25 años de edad, ycuatro años más tarde, en 1956, recibió su doctorado en Química y un premio especial por parte de la Sociedad Bioquímica Argentina; obtuvo su primer doctorado como químico, por su tesis sobreenzimas.
Fue becado por la Universidad de Cambridge donde consiguió su segundo doctorado en 1960.
Milstein regresó a la Argentina en 1961 para hacerse cargo de la División de BiologíaMolecular del Instituto Nacional de Microbiología, pero sólo estuvo un año en el cargo para regresar a Inglaterra tras el golpe militar de 1962.
Estando en Cambridge a los 36 años,formó parte del Laboratorio de Biología Molecular y trabajó en el estudio de las inmunoglobulinas, adelantando el entendimiento acerca del proceso por el cual la sangre produce anticuerpos(las proteínas encargadas de combatir a la presencia de cuerpos extraños o antígenos). Desarrolló una técnica para crear anticuerpos con idéntica estructura química, que denominóanticuerpos monoclonales.
En 1983, Milstein fue nombrado jefe y director de la División de Química, Proteínas y Ácidos Nucleicos de la Universidad de Cambridge. Por su trabajo en el desarrollode anticuerpos monoclonales obtuvo el Premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1984.
En 1993 recibió el Premio Konex de Brillante junto a René Favaloro por su legado a las Ciencias yTecnología de la Argentina, otorgado por la Fundación Konex.
Falleció el 24 de marzo de 2002 en Cambridge, Inglaterra, víctima de una afección cardíaca, a los 74 años de edad.
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