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Monsanto ha sido y sigue siendo una de las empresas que ha creado más controversia a nivel mundial debido al peligro potencial y real de sus productos sobre la salud humana, animales, plantas y sobre el medio ambiente en general.

En la década de los 60 Dow Chemical, Uniroyal, Hercules, Diamond Shamrock, Thompson chemical, TH y Monsanto fueron contratadas por el gobierno de Estados Unidos paraproducir un herbicida llamado agente naranja utilizado en la guerra de Vietnam con el fin de destruir la selva vietnamita y las cosechas privando a los vietnamitas de alimento y de vegetación donde esconderse. El agente naranja fue un potente químico que causó entre la población vietnamita unos 400.000 muertos y unos 500.000 nacimientos de niños con malformaciones, además de las bajas en elpropio ejército estadounidense2 El gobierno de Estados Unidos ha tratado de evadir su responsabilidad fijándola en las empresas a quienes ellos utilizaron para producir este químico. El problema era que la prisa por estas empresas por producir rápidamente el herbicida y con unos costes mínimos hizo que el producto final contuviera grandes cantidades de la dioxina tetraclorodibenzodioxina, unsubproducto altamente cancerígeno que además provoca malformaciones en los fetos. Esto unido a la gran capacidad del agente naranja de permanecer activo en el suelo ha provocado graves daños en las selvas de aquel país, así como generaciones de niños con malformaciones y problemas de cáncer.
Monsanto fue productor de la hormona sintética somatotropina bovina (o rGHB recombinante). Existen estudioscientíficos3 que prueban que la hormona provoca cambios significativos en la biología de las vacas (mastitis, esterilidad, y un aumento de la hormona del crecimiento y de otras hormonas en la leche producida) y también existen estudios que tratan de probar lo contrario, que la hormona es inocua.4 Debido a esta divergencia de opiniones, la leche de vacas tratadas con rGHB está permitida para sucomercialización en Estados Unidos, México, Brasil, Rusia, Corea, Colombia, Egipto, Costa Rica, Emiratos Árabes Unidos, Israel, Honduras, Kenia, Jamaica, Perú, Namibia, Eslovaquia, Turquía, Sudáfrica y Zimbabue, pero está prohibida en Canadá y la Unión Europea, quienes afirman que la hormona puede causar daños no sólo por los problemas ya citados, sino por la dosis extra de antibióticos que contiene laleche de las vacas tratadas con esta hormona suministrados para el tratamiento de las mastitis (infección de las mamas). Grupos de protección al consumidor en Estados Unidos pidieron que se pudiera etiquetar la leche de vacas tratadas; sin embargo, el gobierno de los Estados Unidos denegó la petición en un inicio y grupos de activistas atribuyeron esto a políticas de Monsanto, quien habla sobreesto en un comunicado.5 La negativa del gobierno a esta iniciativa no permitía al consumidor distinguir entre una u otra leche. Después de crecientes peticiones por grupos activistas de protección al consumidor se permitió el etiquetaje de la leche de vacas no tratadas, con la condición de añadir en la etiqueta la información obtenida por los científicos de la Food and Drug Administration (FDA)quienes llegaron a la conclusión de que "la leche de vacas no tratadas con la rGHB no muestra diferencias significativas con la leche de vacas tratadas", aunque no habla de los problemas de salud derivados por la ingesta de antibióticos junto con la leche.
En el año 2007 Monsanto fue multado por anunciar que su herbicida Roundup era biodegradable y no tóxico para los animales domésticos y losniños, y la Unión Europea ha clasificado al herbicida de Monsanto como no biodegradable.6 aunque, Estados Unidos a través de la directiva 1999/45/EC lo clasifica como "no peligroso", existen numerosos estudios[¿cuál?] que prueban que el glifosato (nombre del herbicida conocido comercialmete como Roundup) es altamente persistente en el suelo, por lo que en ningún caso debió ser considerado como...