Informe de electroforesis

a) La poliacrilamida es un soporte empleado frecuentemente en electroforesis en gel, es químicamente inerte, de propiedades uniformes, capaz de ser preparado de forma rápida y reproducible. Forma, además, geles transparentes con estabilidad mecánica, insolubles en agua, relativamente no iónicos y que permiten buena visualización de las bandas durante tiempo prolongado. Además tiene la ventaja deque variando la concentración de polímeros, se puede modificar de manera controlada el tamaño del poro. Los geles de poliacrilamida se forman por la polimerización vinílica del monómero acrilamida y del monómero entrecruzador N, N'-metilen-bis-acrilamida. La polimerización se inicia con la formación de radicales libres del monómero, que se producen por radicales libres de oxígeno, por causa de laacción de iones persulfato. Las aminas terciarias como el N, N, N, N’-tetrametilen-diamina (TEMED) se emplean como catalizadores de esta reacción, porque causan la formación de radicales libres del persulfato.  Esta reacción es fuertemente inhibida por altos niveles de oxígeno,  por lo que la solución debe ser desgasificada para lograr una formación de gel reproducible.
b) La acrilamida ybis-acrilamida no se debe exponer al calor o UV. Se debe trabajar en campana, usar guantes de polivinilo o de nitrilo y bata (tapabocas para su preparación). La inhalación y el contacto con la piel pueden causar daños serios al sistema nervioso central y periférico (no se conoce antídoto), también puede afectar los músculos y a largo plazo causar cáncer. En caso de contacto enjuagar con abundante aguay solicitar auxilio médico. De ser necesario, lavar la ropa antes de volver a usar. Desechos: Desechar únicamente en la forma polimerizada en la basura normal. Los sobrantes deben polimerizarse con TEMED y persulfato de Amonio
c) Las semejanzas y diferencias entre los geles de poliacrilamida y agarosa son que los 2 funcionan como soporte para la corrida. Los de agarosa tienen un tamaño deporo superior a los de poliacrilamida. Los de agarosa se preparan igualmente con facilidad pero a partir de una sustancia no toxica (agarosa). Los de poliacrilamida se emplean en fragmentos pequeños de DNA (5-500 pb) los de agarosa para 500pb - 10kb, sus poros varían entre 100nm y 300nm. Normalmente los geles de poliacrilamida se ponen en cubetas verticales los de agarosa en horizontales.
d) Sedeben mantener temperaturas bajas durante el desarrollo de la electroforesis. La eficiencia de polimerización incrementa comparativamente a 0 ºC por lo que sus propiedades físicas son superiores (para SDS-PAGE) a las de geles polimerizados a 25 ºC. Esto está dado porque no es igual el porcentaje de conversión de monómero en polímero. La uniformidad de la temperatura a través del gel mientrasocurre la corrida electroforética generalmente elimina el efecto de la deformación de las bandas en forma de “sonrisa”.
e) En la a xD
f) PAGE en condiciones no desnaturalizantes. la muestra se carga directamente en el gel en el cual se va a producir la separación, por lo tanto, la concentración del gel es uniforme y hay un único tampón. La PAGE se desarrolla en condiciones en las que no sealtera la conformación nativa de las proteínas separadas, por lo que finalizada la electroforesis, pueden realizarse estudios de funcionalidad de dichas proteínas separadas (actividad enzimática, capacidad de unión de anticuerpos, unión a receptores, etc.)
PAGE en condiciones desnaturalizantes. En presencia de algunos compuestos químicos, las proteínas pierden su estructura nativa; talescompuestos, llamados agentes desnaturalizantes, producen el desplegamiento de la proteína que queda, así, sin la organización tridimensional característica de su funcionalidad biológica. En algunas proteínas hay puentes disulfuro entre los residuos de Cys (para formar cistinas) de una misma cadena polipeptídica (puentes intracatenarios) o de diferentes cadenas (puentes intercatenarios) de algunas...